使用cas-offinder V2.4.1來預(yù)測(cè)脫靶位點(diǎn)
直接從cas-offinder github下載二進(jìn)制文件即可。
運(yùn)行命令如下：
cas-offinder input.txt G0,1 geneid.output.txt
- 參數(shù)1：input.txt 即配置文件
輸入配置input.txt文件格式如下：- 第1行使你存放參考基因組的路徑，注意路徑內(nèi)只能有參考基因組文件，不要有其他fa文件
- 第2行pam序列，前面的NNNNN只是為了匹配和下面的tracer相同的長(zhǎng)度，最后的NGG才是代表分析使用的pam序列，N代表任意堿基
- 第3行 第1列是tracer序列，是載體上確定基因組上編輯位點(diǎn)的序列，最后的NNN同樣是為了匹配長(zhǎng)度。第2列是編輯的堿基數(shù)量 可以再最后加一個(gè)第三列表示該tracer的名稱
如果你的載體上有多個(gè)gRNA,則在第3行之后，按照第3行的格式增加新的行，每一行是一個(gè)tracer序列。 后面的數(shù)字表示突變的位點(diǎn)數(shù)量
- 參數(shù)2：G0,1， 分析使用cpu還是GPU,
G0,1表示使用第1個(gè)和第2個(gè)gpu進(jìn)行分析
G0表示使用第1個(gè)gpu進(jìn)行分析
C表示使用cpu進(jìn)行分析 - 參數(shù)3：geneid.output.txt 輸出文件夾名稱
運(yùn)行 cas-offinder -h命令會(huì)出現(xiàn)下面的內(nèi)容
Cas-OFFinder v2.4.1 (Jan 23 2021)
Copyright (c) 2013 Jeongbin Park and Sangsu Bae
Website: http://github.com/snugel/cas-offinder
Usage: cas-offinder {input_filename|-} {C|G|A}[device_id(s)] {output_filename|-}
(C: using CPUs, G: using GPUs, A: using accelerators)
Example input file:
/var/chromosomes/human_hg19
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNRG
GGCCGACCTGTCGCTGACGCNNN 5
CGCCAGCGTCAGCGACAGGTNNN 5
ACGGCGCCAGCGTCAGCGACNNN 5
GTCGCTGACGCTGGCGCCGTNNN 5
Available device list:
Type: GPU, ID: 0, <NVIDIA GeForce RTX 4090> on <NVIDIA CUDA>
Type: GPU, ID: 1, <NVIDIA GeForce RTX 4090> on <NVIDIA CUDA>
輸出最下面即是你的顯卡信息，如果沒有顯卡則不會(huì)顯示。
最終輸出結(jié)果格式解析：
注意此處的位置（例如下面的82252642 ，實(shí)際IGV中是82252643），下標(biāo)是從0開始。所以后續(xù)分析時(shí)需要注意這個(gè)差別。
| 原始序列 | 染色體 | 位置 | 突變后的序列 | 序列的方向 | 錯(cuò)配堿基數(shù)量 | 對(duì)應(yīng)的tracer名稱 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| GGGAACCCCTGAGGCCCCCGNNN | chr01 | 82252642 | GaGAACCCCgGAGGaCCCCGGGG | + | 3 | chr05_0322_T1 |
| GGGAACCCCTGAGGCCCCCGNNN | chr03 | 7932303 | GGaAACCCCTaAGGCCCCCGtGG | + | 3 | chr05_0322_T1 |
突變后的堿基序列中小寫字母的位置即為突變的位置
一般情況下，錯(cuò)配0-3個(gè)堿基為大概率事件，錯(cuò)配4-5個(gè)位中概率事件，錯(cuò)配>=6的屬于低概率事件，一般不用考慮，但是仍需要實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。
