細(xì)菌質(zhì)粒相比較于細(xì)菌染色體基因非常容易發(fā)生水平轉(zhuǎn)移，質(zhì)?？蓮沫h(huán)境中獲得質(zhì)?；騺G失掉。質(zhì)粒的存在往往有利于細(xì)菌的生存，，質(zhì)粒上常常帶有抗生素抗性基因，毒力基因以及解毒基因，是細(xì)菌適應(yīng)不同環(huán)境的結(jié)果。

高通量測序的蓬勃發(fā)展使人們更容易獲得細(xì)菌的全部遺傳信息，但基于二代測序技術(shù)組裝出完整質(zhì)粒還比較難，組裝策略主要有de novo based方法和reference-mapping-based方法，今天學(xué)習(xí)一下reference-mapping-based方法的質(zhì)粒組裝，主要是通過將二代測序數(shù)據(jù)mapping到已有的高質(zhì)量質(zhì)粒數(shù)據(jù)庫輔助組裝質(zhì)粒, 這次使用plasmidID軟件，其他質(zhì)粒組裝軟件見「生信軟件」細(xì)菌質(zhì)粒組裝。

1.plasmidID軟件安裝

直接使用conda安裝

(base) czh@ubuntu16:~$ conda create -n denovo_genome plasmidid

2.plasmid 數(shù)據(jù)庫下載

質(zhì)粒數(shù)據(jù)庫來至于文章“A Curated, Comprehensive Database of Plasmid Sequences”

3.plasmidID軟件使用

plasmidID -1 BD4A.IS500_Clean.1.fq.gz -2 BD4A.IS500_Clean.2.fq.gz -d '/home/czh/Desktop/02_BD177_compare_genome/08_BD177_plasmid/plasmid_database/0305_2018_All_plasmids.fna'  -s BD177_plasmid  -c BD177.fna -o BD177_plasmid --config-directory BD177_plasmid -T 4