ViewBS是一個很便捷的BS-seq數(shù)據(jù)可視化軟件,在根據(jù)bw文件和指定的bed文件可視化時候，以前年少無知，老是bed文件只放三列，即

image.png

然后我在使用ViewBS進行可視化時候，命令如下,得到CHH甲基化的分布一直不對勁，還以為是參數(shù)問題，調(diào)了一萬年的參數(shù)

 ViewBS MethOverRegion --sample file:sampl_info_tab.txt --prefix nonTE_Gene --context CHH --outdir MethOverRegion --binNumber 20 --binLength 100

image.png

以前我是基本不看程序源代碼的，今天不知道撞了邪一樣，就打開源代碼看了一下，我靠，基因不是一直都有方向性嗎，沒有加的畫，那豈不是我的TSS和TES的區(qū)間就變了，原來如此

image.png

于是我將之前的bed文件格式稍作了修改,第六列應該可以不要

awk '{print $1"\t"$2"\t"$3"\t"$4"\t"$6"\t"$4}' nonTE_gene.bed > nonTE_gene

image.png

再一次原封不動的運行了代碼

 ViewBS MethOverRegion --sample file:sampl_info_tab.txt --prefix nonTE_Gene --context CHH --outdir MethOverRegion --binNumber 20 --binLength 100

image.png

哇 這趨勢才是nonTE基因CHH甲基化的分布啊

science

總結，沒有人帶領，自己確實要走很多歪路，但是只要最后能解決，雖然也是個半吊子，但是能善于解決問題，發(fā)現(xiàn)問題，就是進步的。