BioNano以cmap格式存放光學圖譜，為了評估基因組的組裝質量或者了解光學圖譜中冗余情況(高雜合基因組組裝結果偏大)，我們就需要進行cmap之間的比較。

CMAP間比對

Solve套件提供了runCharacterize.py腳本封裝了RefAligner，用于進行CMAP之間的比對。

python2.7 runCharacterize.py \
    -t RefAligner的二進制文件路徑 \
    -q 用于比對的CMAP \
    -r 參考CMAP \
    -p Pipeline文件路徑\
    -a 參數配置文件.xml \
    -n 線程數,默認4

需要注意的是-p和-a參數的設置。-p是Pipeline的文件位置，比如說我的Solve安裝在/opt/biosoft/Solve3.4_06042019a，那么參數設置為-p /opt/biosoft/Solve3.4_06042019a/Pipeline/06042019。 而-a則是要在/opt/biosoft/Solve3.4_06042019a/RefAligner/8949.9232rel/目錄下選擇合適的xml文件。比如你的CMAP是Irys平臺，那么你可以考慮用optArguments_nonhaplotype_irys.xml.

以最新發(fā)表的辣椒的光學圖譜為例，該物種有比較高的雜合度，組裝結果偏大，我們可以通過自比對來尋找冗余區(qū)域,

# 下載CMAP
wget https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/ft/byid/o62junnn/piper_nigrum_no_rcmap_refinefinal1.cmap
# 自比對
python /opt/biosoft/Solve3.4_06042019a/Pipeline/06042019/runCharacterize.py \
    -t /opt/biosoft/Solve3.4_06042019a/RefAligner/8949.9232rel/RefAligner \
    -q piper_nigrum_no_rcmap_refinefinal1.cmap \
    -r piper_nigrum_no_rcmap_refinefinal1.cmap \
    -p /opt/biosoft/Solve3.4_06042019a/Pipeline/06042019 \
    -a /opt/biosoft/Solve3.4_06042019a/RefAligner/8949.9232rel/optArguments_nonhaplotype_saphyr.xml -n 64

最終會在當前文件下生成一個alignRef文件夾，其中結果是q.cmap,r.cmap和xmap的文件可以用于上傳到BioNano Access上進行展示。下圖就是一個冗余實例，可以把圖中較短的圖譜刪掉

冗余

基因組回帖

為了將基因組回帖到CMAP上，需要先將基因組的fasta格式轉成CMAP格式，參數如下

perl fa2cmap_multi_color.pl -i 輸入FASTA -e 酶1 通道1 [酶2 通道2]

其中一個最重要的參數就是酶切類型。例如我需要將序列回帖到用Nt.BspQI酶切組裝的光學圖譜上，因此運行參數如下

perl /opt/biosoft/Solve3.4_06042019a/HybridScaffold/06042019/scripts/fa2cmap_multi_color.pl -i athaliana.fa -e BspQI 1

最后的athaliana_BSPQI_0kb_0labels.cmap就是模擬酶切的CMAP序列。

之后將模擬酶切的結果回帖到實際的CMAP

python /opt/biosoft/Solve3.4_06042019a/Pipeline/06042019/runCharacterize.py \
    -t /opt/biosoft/Solve3.4_06042019a/RefAligner/8949.9232rel/RefAligner \
    -q athaliana_BSPQI_0kb_0labels.cmap \
    -r kbs-mac-74_bng_contigs2017.cmap \
    -p /opt/biosoft/Solve3.4_06042019a/Pipeline/06042019 \
    -a /opt/biosoft/Solve3.4_06042019a/RefAligner/8949.9232rel/optArguments_nonhaplotype_saphyr.xml \
    -n 64

最終會在當前文件下生成一個alignRef文件夾，其中結果是q.cmap,r.cmap和xmap的文件.