IBS距離矩陣

IBS是指兩個(gè)個(gè)體中共有的等位基因序列相同，IBS的遺傳距離可以衡量樣本間的相似性，評(píng)價(jià)其親緣關(guān)系。

/home/software/plink --allow-extra-chr --chr-set 27 --file ld.QC.75_noinclude0-502502-geno02-maf03 --distance-matrix


#利用pheatmap可視化IBS距離矩陣

所需的數(shù)據(jù)格式為plink.mdist中第一行加入樣本ID

library(pheatmap)
library(RColorBrewer)

###讀取matrix數(shù)據(jù)
my_data <- read.delim(file.choose("plink.mdist"))      
rownames(my_data) = colnames(my_data)
pheatmap(my_data, scale = "none",       
         mycolor <- brewer.pal(9,"PiYG"),       ########修改顏色    
      show_rownames = T, show_colnames = T, main = "Heatmap", border_color = NA,)
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