理論上講，前面非?；A(chǔ)的Linux知識學(xué)到位之后是可以“開始”嘗試實戰(zhàn)一下RNAseq分析的上游部分的。
不過呢，如果把組學(xué)的分析想象成是做一幅畫的話，Linux基礎(chǔ)知識僅僅是提供了一張畫紙，想要勾勒出栩栩如生的圖案，還需要有各種各樣的畫筆，也就是組學(xué)分析時要用到的各種各樣的軟件工具。生信分析常用軟件的下載和使用已經(jīng)有很經(jīng)典的教程：生物信息學(xué)常見1000個軟件的安裝代碼，不過需要一個一個的下載安裝。
那么有沒有一個像是App Store一樣的東西存在呢，那樣就不需要一個一個的去下載安裝包然后安裝了。當(dāng)然有，就是傳說中的conda。關(guān)于conda，剛接觸的時候甚至都搞不清楚到時是什么，現(xiàn)在的理解其實就跟App Store性質(zhì)一樣，里面存放了許許多多IT領(lǐng)域（不僅僅是生信分析）會用到的各種軟件，相當(dāng)于有個人把所有的你會用的東西提前整理到了一起。
話不多說，怎么安裝conda和使用conda下載常用的生信分析軟件呢？代碼如下：
# 下載conda安裝包。直接在百度搜關(guān)鍵字"conda 清華"就行，具體的進(jìn)入網(wǎng)站一看就明白(需要注意的是選擇自身系統(tǒng)對應(yīng)的版本)
wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# 下載完成后會看到一個 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 文件，然后激活
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
source ~/.bashrc # 這一步很重要，.basrc是自己家目錄下的一個隱藏配置文件，Linux系統(tǒng)啟動后會自動啟動里面的配置。
# 上面是把conda下載并安裝了，然后是配置鏡像(關(guān)于什么是鏡像還是自行搜索吧)，此處還是用清華的鏡像，雖說前一陣兒傳言馬上要不能用了，不過目前還是沒問題的
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --show channels
# 把這一堆命令復(fù)制到命令行然后運(yùn)行就行，而且你都可以不用完全明白這些命令具體是什么意思，到此conda安裝和鏡像配置就算是搞定了。
# conda常用的命令參數(shù)可以 conda --help 一下，清楚明了。一般我們會創(chuàng)建一個環(huán)境來開展具體的分析，比如RNAseq我們可以創(chuàng)建一個名為rna的環(huán)境，外顯子分析可以創(chuàng)建一個名為WES的環(huán)境，然后在相應(yīng)的環(huán)境下面安裝對應(yīng)的常用軟件。
conda create -n rna python=2
conda activate rna # 進(jìn)入創(chuàng)建的環(huán)境，進(jìn)入之后在標(biāo)頭的最前面會出現(xiàn)rna字樣
conda install samtools # 安裝需要的軟件，完了之后可以在這個環(huán)境下進(jìn)行分析
conda deactivate # 分析結(jié)束后退出環(huán)境
# 需要注意的是，在rna環(huán)境下安裝的軟件只有在激活環(huán)境后才能使用。
挺簡單的樣子，但是真正的操作過程中（尤其對于初學(xué)者），很可能步步為坑。出現(xiàn)的問題可能是conda的下載版本與系統(tǒng)不匹配（比如是mac的電腦卻下載了Linux版本的conda）。也有可能是你遺漏了這么多代碼中的某一行。要知道機(jī)器是絕對理性的，千萬不要有僥幸心理。
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