給大家安利一款軟件FORGE2，全稱 Functional element Overlap analysis of the Results of GWAS Experiments version 2。簡單來說，就是通過對(duì) GWAS 信號(hào)位點(diǎn)和基因組功能調(diào)控元件進(jìn)行富集，找到 GWAS 特異的細(xì)胞類型。

該工具提供了網(wǎng)頁版和命令行版。

一、網(wǎng)頁版

網(wǎng)頁版 (網(wǎng)址：https://forge2.altiusinstitute.org/) 的比較簡單，只需要輸入RS號(hào)即可。

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得到以下結(jié)果：

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• 以 DHS 的分析為例，會(huì)返回以下三張圖表：

SNPs analyzed across samples for erc2?DHS

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DMPs in DNase I sites (probably TF sites) in cell lines for erc2-DHS

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Interactive table

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二、命令行版

1、首先下載、解壓 FORGE2

wget https://github.com/charlesbreeze/FORGE2/archive/refs/heads/forge2.v1.0.zip
unzip forge2.v1.0.zip

2、隨后安裝 perl 以及 perl 需要的依賴包

conda create -n perl #創(chuàng)建perl環(huán)境；
conda activate perl #激活perl環(huán)境；
conda install -c conda-forge perl #安裝perl；
conda install -c bioconda perl-dbd-sqlite #安裝perl模塊
conda install -c bioconda perl-sort-naturally #安裝perl模塊
conda install -c bioconda perl-storable #安裝perl模塊
conda install -c bioconda perl-getopt-long #安裝perl模塊
conda install -c dan_blanchard perl-config-inifiles #安裝perl模塊
perl -MCPAN -e 'install Config::IniFiles' #安裝perl模塊
conda install -c bioconda perl-data-uuid #安裝perl模塊
perl -MCPAN -e 'install Statistics::Multtest' #安裝perl模塊

3、安裝 R 需要的依賴包

require(devtools)
install_github('ramnathv/rCharts')
install.packages("rjson")

4、下載分析所需要的數(shù)據(jù) forge_2.0.db

下載地址：https://forge2.altiusinstitute.org/files/forge_2.0.db

下載后把forge_2.0.db放在文件夾FORGE2-forge2.v1.0/bin下面。

完成以上依賴包的安裝后，就可以開始進(jìn)行富集分析啦。

5、富集分析

富集分析需要的輸入文件比較簡單，只需要一個(gè)輸入文件，在這里命名為file（與網(wǎng)頁版的輸入一樣）：

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準(zhǔn)備好輸入文件后，輸入如下命令：

eforge.pl -f file -label cwy -dada erc2-DHS

-f 表示輸入的文件名；

-label 表示圖標(biāo)題名;

-data 表示分析的數(shù)據(jù)類型；ENCODE ('encode'), unconsolidated Roadmap Epigenomics data ('erc'), consolidated Roadmap Epigenomics DNase-seq data ('erc2-DHS'), BLUEPRINT data ('blueprint'), Roadmap Epigenomics histone mark data for 'erc2-H3K4me1', 'erc2-H3K9me3', 'erc2-H3K4me3', 'erc2-H3K36me3', or 'erc2-H3K27me3'. FORGE2 also supports analysis across all histone marks ('erc2-H3-all'), and all chromatin states ('erc2-chromatin15state-all')

注意事項(xiàng)： file 文件必須在 bin 路徑下運(yùn)行

6、可能出現(xiàn)的報(bào)錯(cuò)

CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64/current_repodata.json

解決方法： 在終端下 vi ~/.condarc，隨后刪除-defaults一行

致謝橙子牛奶糖（陳文燕），請(qǐng)用參考模版：We thank the blogger (orange_milk_sugar, Wenyan Chen) for XXX

感謝小可愛們多年來的陪伴， 我與你們一起成長~