錯(cuò)誤信息.PNG

參考了兩篇相關(guān)的文章：
①ImportError: No module named conda.cli.
②ln: failed to create symbolic link ‘/usr/bin/pip’: File exists
發(fā)現(xiàn)依然不成功，并且conda也無法運(yùn)行了…

然后我卸載了conda，刪除了之前設(shè)置的環(huán)境變量，重啟了終端，重新安裝了一遍conda。（感覺應(yīng)該是在設(shè)置的時(shí)候把這個(gè)環(huán)境搞亂了）

conda的卸載

$ rm -rf anaconda3
$ vi .bashrc
# 刪除了相關(guān)的環(huán)境變量
$ source .bashrc

conda的安裝

(參照：conda的安裝與使用)

$ sh Anaconda3-5.2.0-Linux-x86_64.sh
#激活
$ chmod 777 activate
# 添加channel
$conda config --add channels bioconda
$conda config --add channels conda-forge

下面就開始正式的安裝MultiQC了

安裝MultiQC

設(shè)置＋激活環(huán)境

由于之前是直接在conda環(huán)境中安裝的，所以如果出了錯(cuò)可能會(huì)導(dǎo)致自己的賬戶環(huán)境就不能用了。所以先要設(shè)置一個(gè)小環(huán)境
參照：conda管理生信軟件一文就夠

$ conda create -n py3.5 python=3.5
# 這三個(gè)都是用來查看已存在的小環(huán)境的
$ conda info -e
$ conda info --envs
$ conda env list
#激活小環(huán)境
$conda activate py3.5
# 此時(shí)便已經(jīng)進(jìn)入了設(shè)置的小環(huán)境，如圖

查看conda環(huán)境.PNG

查找軟件

• 從conda網(wǎng)頁內(nèi)查找：http://bioconda.github.io/conda-recipe_index.html
• conda search PACKAGENAME：運(yùn)行命令查找是否存在
  (推薦第一種)

查找multiqc.PNG

安裝multiqc

conda install multiqc
# 調(diào)取其幫助文檔，確認(rèn)是否安裝成功
$ multiqc -help

安裝環(huán)境確認(rèn).PNG

在詢問是否開始安裝的時(shí)候，輸入y（即yes）

安裝完成.PNG

調(diào)取幫助文檔.PNG

運(yùn)用multiqc

1.首先在NCBI上找到兩個(gè)序列，我找到的是SRR10338477和SRR10442162

$ prefetch SRR10338477
$ prefetch SRR10442162

于是下載的序列就存儲(chǔ)在了/home/akuooo/ncbi/public/sra這個(gè)目錄里

sra.PNG

copy到我的multiqc_test文件夾里

$ cp SRR10338477.sra ~/Seqs/multiqc_test
$ cp SRR10442162.sra ~/Seqs/multiqc_test
$ cd ~/Seqs/multiqc_test

2.批量解壓文件

#編寫一個(gè)程序，批量解壓當(dāng)前目錄的sra文件(參照老師的PPT)
vi 1.sh

#!/bin/sh
for i in *sra
do
        echo $i
        fastq-dump --gzip --split-files $i
done

$ chmod +x 1.sh
$ ./1.sh

等待運(yùn)行完成，ls可以看到

解壓文件.PNG

3.運(yùn)用fastqc進(jìn)行數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)價(jià)

fastqc SRR10338477_1.fastq.gz SRR10442162_1.fastq.gz SRR10338477_2.fastq.gz SRR10442162_2.fastq.gz

fastqc.PNG

4.運(yùn)行multiqc

# 直接在當(dāng)前目錄下輸入：
$ multiqc .

report.PNG

可以進(jìn)入圖形界面進(jìn)行查看，也可以把文件下載，在Windows下查看。（如圖）

結(jié)果.PNG

5.數(shù)據(jù)解讀
可參照：整合QC質(zhì)控結(jié)果的利器——MultiQC

6.退出小環(huán)境

$ conda deactivate

ps.下一次激活conda的命令

source activate 環(huán)境名