如何從NCBI中獲得16S rRNA序列

NCBI收集了16S ribosomal RNA sequence，可以進(jìn)行下載：
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db

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解壓后是已經(jīng)建好索引的文件：
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并沒有核苷酸文件，可以通過以下命令將全部16S的序列取出來：

blastdbcmd -db ./16S_ribosomal_RNA -dbtype nucl -entry all -outfmt "%f" -out 16S_ribosomal.fa

序列保存在16S_ribosomal.fa文件中了，打開就是核苷酸序列了


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