后來(lái)發(fā)現(xiàn)，即便努力實(shí)現(xiàn)了各科代表物種的注釋?zhuān)谀承┣闆r下還是直接注釋可能更方便些。于是對(duì)GFAP添加了一個(gè)新的模塊，該模塊直接用pfam, GO, KEGG官網(wǎng)數(shù)據(jù)進(jìn)行注釋。但有兩個(gè)小問(wèn)題：一個(gè)是注釋過(guò)程相對(duì)慢；二是這些功能只能用蛋白序列去實(shí)現(xiàn)。同學(xué)們可以根據(jù)自身情況靈活選擇。注意，當(dāng)使用的庫(kù)是總庫(kù)（即沒(méi)有標(biāo)注plant）時(shí)，是可以對(duì)除植物外的其他物種注釋的。功能使用方法如下：

一共有三個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)需要去我分享的賬號(hào)進(jìn)行下載，它們分別是植物專(zhuān)用pfam數(shù)據(jù)庫(kù)，總的pfam文件（適用各物種）以及總的kegg文件（適用各物種）。點(diǎn)擊①，②和⑦可自動(dòng)鏈接到下載賬號(hào)~

下載完成后，只需要將下載的數(shù)據(jù)庫(kù)放到GFAP的文件夾下就可以進(jìn)行使用了。例如：

這個(gè)操作再簡(jiǎn)單點(diǎn)兒說(shuō)就是GFAP.exe在哪兒就放哪兒。

pfam和GO ID的生成：

完成上述操作后，需要告訴軟件你放的是哪個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)，點(diǎn)選之后（③），把蛋白序列文件放入規(guī)定位置（④），然后保存命名（⑤），點(diǎn)擊⑥即可運(yùn)行功能。kegg IDs的運(yùn)行過(guò)程類(lèi)似。

完成后，pfam的結(jié)果會(huì)直接給出功能。但GO和KEGG只會(huì)給出ID,接下來(lái)的操作就是到前面的模塊該做什么做什么就好，例如：