參考教程
http://m.itdecent.cn/p/467d970ec097
一、homer安裝:
1.通過(guò)homer主頁(yè)下載configureHomer.pl文件（網(wǎng)址: http://homer.ucsd.edu/homer/download.html）
2.把這個(gè)pl文件放到software/homer文件夾下：
運(yùn)行命令：
perl /data/zds209/software/homer/configureHomer.pl -install
3.之后進(jìn)行環(huán)境變量設(shè)置：在.bashrc文件里面加一句設(shè)定export PATH=$PATH:/data/zds209/software/homer/bin/ #homer
再sorce一下.bashrc文件。
4.到homer文件夾下，加載
perl configureHomer.pl -install mm10
perl configureHomer.pl -install hg38
二、建立腳本sh，并運(yùn)行
project=/data/zds209/ChIP-seqtest
ls $project | if [ ! -d motif ]; then
mkdir -p $project/motif;
fi
ls $project/bed/*.bed | while read id
do
file=$(basename $id)
sample=${file%%.*}
findMotifsGenome $id mm10 $project/motif/$sample/ -size 200 -mask
done
# -mask 使用repeated-mask序列
# -size 設(shè)置motif長(zhǎng)度
（小插曲：因?yàn)橹鞍惭b一開(kāi)始在software下，再挪到homer里，所以報(bào)了一個(gè)錯(cuò)。Can't locate HomerConfig.pm in @INC (you may need to install the HomerConfig module)
所以先要移除之前安裝，之后再homer下安裝。
rm -r /data/zds209/software/homer
再新建homer，把pl移入。到homer下重新nstall。這個(gè)錯(cuò)誤原因我是在https://www.biostars.org/p/423925/ 這個(gè)網(wǎng)站里找到，就是純英文，看了一堆人說(shuō)這說(shuō)那，最后一條才是有用的，看著費(fèi)勁）
