由于興趣，自學(xué)生信第一天，純屬記錄，若有錯(cuò)漏，歡迎指出。

第一次用簡(jiǎn)書，真有點(diǎn)不習(xí)慣，哈哈哈哈。

教材：鳥(niǎo)哥的私房菜，4-12章，某公司培訓(xùn)材料

一、基礎(chǔ)命令篇：

常見(jiàn)操作命令

su -user

更改為其他用戶并使用其環(huán)境變量設(shè)置? su root 切換到管理員命名。

cp命令

文件復(fù)制

-a 拷貝目錄，保留鏈接、文件屬性，并遞歸地拷貝目錄

cp -i 交互式拷貝，詢問(wèn)是否覆蓋文件。

cp -l 不做拷貝文件，只作鏈接。

mv命令

[參數(shù)] 源文件或目錄 目標(biāo)文件或目錄? ? ? 對(duì)象為文件為則為改名，為目錄將文件或者目錄移動(dòng)到該文件.

-i 交互式操作，-f 強(qiáng)制執(zhí)行。

rm命令

刪除文件/目錄，對(duì)于鏈接文件只是斷開(kāi)鏈接

-I 交互式刪除，-r 刪除目錄與子目錄 ，*刪除當(dāng)前目錄下所有文件（目錄不刪除）

mkdir命令

創(chuàng)建一個(gè)目錄（類似MSDOS下的md命令）。要求創(chuàng)建目錄的用戶在當(dāng)前目錄中（dir-name的父目錄中）具有寫權(quán)限，并且 dirname 不能是當(dāng)前目錄中已有的目錄或 文件名稱

-p 可以是一個(gè)路徑名稱。此時(shí)若路徑中的某些目錄尚不存在，加上此選項(xiàng)后，系統(tǒng)將自動(dòng)建立好那些尚不存在的目錄，即一次可以建立多個(gè)目錄。

rmdir命令

刪除一個(gè)或多個(gè)子目錄項(xiàng)，目錄必為空

-p 遞歸刪除目錄，當(dāng)子目錄刪除時(shí)父目錄為空，可連續(xù)刪除。

cd命令?

更改目錄，..切換為上一層：

cd /? 切換為根目錄

cd ~ 切換至宿主目錄(用戶登錄時(shí)所在的目錄)，效果等同于不加指定目錄。

pwd 命令

該命令顯示用戶當(dāng)前所在路徑。

ls 命令

顯示目錄或文件。

?-a 隱藏文件

?-R 遞歸式地顯示指定目錄的各個(gè)子目錄中的文件

?-l 以長(zhǎng)格式顯示文件的詳細(xì)信息。

文本查看命令

More 命令

顯示一屏文本，若要繼續(xù)顯示，按回車或空格鍵，退出按 q 或 Q。

-p 顯示下一屏之前清屏，

-s 文件中連續(xù)空白行壓縮成一個(gè)空白行顯示。

More -c -5 example.txt 執(zhí)行該命令，先清屏，然后以每五行方式顯示文件。

?Less 命令

用less顯示文件，文件往前移動(dòng)，按b鍵，要移動(dòng)到用文件的百分比表示的某位置，則指定一個(gè) 0 到 100 之間的數(shù)，并按 p 即可。

Cat 命令

顯示命令，它依次讀取其后所指文件的內(nèi)容并將其輸出到標(biāo)準(zhǔn)輸出，該命令功能之二是用來(lái)將兩個(gè)或多個(gè)文件連接起來(lái)。

-n 在文件的每行前面顯示行號(hào)。

-b 對(duì)于空白行不顯示行號(hào)。

-s 消除兩行以上空白行。

?head 命令

顯示指定文件的前若干行。

-n line

tail 命令

輸出文件后幾行。-n 只顯示后面n行。-c 最后幾個(gè)字節(jié)。-f 動(dòng)態(tài)顯示.

sed 命令

只看文件的中間幾行。

Sed -n ‘5,10p’ /etc/ 只看文件的第5-10行。

grep命令

過(guò)濾器，搜索文件并過(guò)濾出某個(gè)特征行。

-n 所找到的行在行前加上行號(hào)列出。

-v 把不包含匹配模式的行列出。

grep -n mrna 文件輸出。

文本處理命令

Sort命令

排序并輸出。

-u 對(duì)排序后認(rèn)為相同的行只留其中一行。

-d 按字典順序排序，比較時(shí)僅字母、數(shù)字、空格和制表符有意義。

+posl -pos2 指定一個(gè)或幾個(gè)字段作為排序關(guān)鍵字，字段位置從括posl，不包括pos2）。如不指定pos2，則關(guān)鍵字為從posl到行尾。字段和字符的位置從0開(kāi)始。

-b 在每行尋找排序關(guān)鍵詞時(shí)忽略前導(dǎo)的空白。

-t a 指定字符a 作為字段分隔符。

Uniq命令

將文件中的重復(fù)行中刪除，只留下每條記錄的唯一樣本。

-c 顯示輸出中，在每行行首加上本行在文件中出現(xiàn)的次數(shù)。它可取代-u和-d選項(xiàng)

-d 只顯示重復(fù)行。

-u 只顯示文件中不重復(fù)的各行。

-n 前n個(gè)字段與每個(gè)字段前的空白一起被忽略。一個(gè)字段是一個(gè)非空格、非制表符的字符串, 彼此由制表符和空格隔開(kāi)。

+n 前n個(gè)字符被忽略，之前的字符被跳過(guò)。

wc命令

用來(lái)統(tǒng)計(jì)給定文件中的字節(jié)數(shù)、字?jǐn)?shù)、行數(shù).

-c 統(tǒng)計(jì)字節(jié)數(shù)

-l 統(tǒng)計(jì)行數(shù)

-w 統(tǒng)計(jì)字?jǐn)?shù)。

顯示行數(shù)、字?jǐn)?shù)、字節(jié)數(shù)、文件名 （34 算一個(gè)字）1個(gè)漢字在這里被轉(zhuǎn)換為3字節(jié)

Split 命令

將一個(gè)文件分割成數(shù)個(gè)，生成文件依次為前綴aa……，默認(rèn)前綴x

-b SIZE SIZE值為每一輸出文件的大小，單位為 byte

-l NUMBER number 為每一輸出文件的行數(shù)。

split -b 30k UCSC.lis TEST（例子，TEST為前綴）

cut 命令

截取文件中的某字段

-c m-n 表示顯示每一行的第 m 個(gè)字元到第 n 個(gè)字元

-f m-n 表示顯示第m欄到N 攔 （使用 tab 分隔)。

-d’ 分隔符’ 用來(lái)定義分隔符（單個(gè)字符），默認(rèn)為 tab 鍵，和-f 配合使用。

cut -f 1-2 -d ',' UCSC.lis 以“，”為分隔符，取文件UCSC.lis的第一列和第二列。

awk命令

對(duì)文件進(jìn)行信息提取等處理

awk '{ print }' /etc/passwd 此命令輸出/etc/passd 文件內(nèi)容

$ awk -F:":" ’{ print $1 }’ /etc/passwd 使用 -F 選項(xiàng)來(lái)指定 ":" 作為字段分隔符，打印出在輸入文件中每一行中出現(xiàn)的第一個(gè)字段。

改變文件或目錄的權(quán)限命令

chmod 命令

chmod命令用于改變文件或目錄的訪問(wèn)權(quán)限

字母設(shè)定

chmod g+r，o+r GC_content.pl

chmod g+rw file 增加組內(nèi)可讀寫權(quán)限。

chmod o=rx file 更改文件的權(quán)限，使其他用戶可讀可執(zhí)行

數(shù)字設(shè)定

0 無(wú)權(quán)限

1 可執(zhí)行

2可寫

4可讀

權(quán)限可以數(shù)字的形式疊加。

rwx屬性則4+2+1=7

chmod 755 GC_content.pl

-r 更改所有的權(quán)限，包括子目錄及其內(nèi)文件

chgrp命令?

改變

文件或目錄所屬的用戶組，可以是組 ID，也可以是組名（見(jiàn)文件/etc/group）

-R 遞歸式地改變指定目錄及其下的所有子目錄和文件的屬組。

chown 命令?

更改某個(gè)文件或目錄的屬主和屬組

-R 遞歸式地改變指定目錄及其下的所有子目錄和文件的屬組。

chown -R soft:bgi genome/

(12)備份與壓縮命令

tar命令（打包備份）

tar可以為文件和目錄創(chuàng)建檔案, 利用tar，用戶可以為某一特定文件

件），也可以在檔案中改變文件，或者向檔案中加入新的文；全部打包成一個(gè)文件

-cf 創(chuàng)建新的檔案文件。用于備份。

-rf 把要存檔的文件追加到檔案文件的末尾。

-tvf 列出檔案文件的內(nèi)容，查看備份了哪些檔案。

-uf 更新文件。就是說(shuō)，用新增的文件取代原備份文件

-xf 從檔案文件中釋放文件，解壓縮

-zf 用壓縮檔案文件。

tar -cf bin.tar /usr/bin 將/usr/bin 目錄下所有文件打包成 bin.tar

tar -xf bin.tar 提出 bin.tar 包里所有文件（但是包本身還存在）

tar -tvf bin,tar 給出目錄，但是不解壓縮。

Tar -help 顯示幫助信息。

tar -rf up.tar text.txt 往壓縮包中添加文檔。

gzip命令

對(duì)文件壓縮解壓縮

對(duì)文件進(jìn)行壓縮和解壓縮的命令，可以減少文件大小，.gz的壓縮文件

-c 輸出，并保留原有文件，與-d聯(lián)用

-d 將壓縮文件解壓。源文件不存在了。

-l 對(duì)每個(gè)壓縮文件，顯示壓縮文件的大小，未壓縮時(shí)候的大小， 壓縮比及文件壓縮前名字

-r 遞歸地查找指定目錄并壓縮其中的所有文件或者是解壓縮 (-r 壓縮，-rd解壓縮)

unzip命令

window 系統(tǒng)下的文件zip用該命令解壓縮、

-x 文件列表 解壓縮文件，但不包括指定的file文件。

-v 查看壓縮文件目錄，但不解壓

-t 測(cè)試文件有無(wú)損壞，但不解壓。

-d 目錄，把壓縮文件解到指定目錄下。

-z 只顯示壓縮文件的注解

-n 不覆蓋已經(jīng)存在的文件

-o 覆蓋已存在的文件且不要求用戶確認(rèn)。

-j 所有文件解壓到同一目錄下。

Compress壓縮文件

.z 格式可以用 uncompress 解壓縮或使用參數(shù)-d 解壓縮。

磁盤和系統(tǒng)管理命令

df命令

-a 顯示所有文件系統(tǒng)的磁盤活動(dòng)

-k 以K字節(jié)顯示

-i 顯示i 節(jié)點(diǎn)信息。

-t 顯示各指定類型的文件系統(tǒng)的磁盤空間使用情況

-x 列出不是某一指定類型文件系統(tǒng)的磁盤空間使用情況

-T 顯示文件系統(tǒng)類型。

du命令

指定目錄的每一個(gè)子目錄并顯示該目錄占用文件系統(tǒng)數(shù)據(jù)塊情況，如不指定則為當(dāng)年目錄。

-s 對(duì)每個(gè)文件或目錄只給出占用的數(shù)據(jù)塊總數(shù)

-a 遞歸

-b 以字節(jié)為單位列出磁盤空間使用情況

-k

-c 最后加上總計(jì)

-l 計(jì)算所有文件大小，對(duì)于硬鏈接文件，反復(fù)計(jì)算

-x 跳過(guò)不同系統(tǒng)上的目錄不予統(tǒng)計(jì)。

free命令

查看當(dāng)前系統(tǒng)內(nèi)存的使用情況，

top命令

即時(shí)顯示進(jìn)程動(dòng)態(tài)，進(jìn)入 top 命令后可以使用如下幾個(gè)命令進(jìn)行操作

h:顯示幫助信息

q: 離開(kāi)

s: 更新速度，每幾秒更新一次,空格鍵手動(dòng)更新。

n: 只顯示上面運(yùn)行的幾個(gè)進(jìn)程

i: 不顯示閑置不用的形成

u: 單獨(dú)顯示某一用戶的進(jìn)程，“+”顯示所有用戶的進(jìn)程。

ps命令

顯示用戶的運(yùn)行程序或系統(tǒng)程序

-e 所有用戶的進(jìn)程

-u 列出用戶的進(jìn)程

-f 給出詳細(xì)列表

history命令

查詢歷史命令記錄

Kill 命令

殺死一般無(wú)法終止的進(jìn)程

-signal pid signal 為 0 到 31 的數(shù)字，也可以是特定字符串。如數(shù)字 9 代表 KILL，可以殺 掉一般無(wú)法終止的程序

-l 查看 signal 代表的意思。常用的 signal 有 HUP、STOP、CONT 等。