所有網(wǎng)絡(luò)，包括生物網(wǎng)絡(luò) biological networks、社交網(wǎng)絡(luò) social networks、技術(shù)網(wǎng)絡(luò)（例如計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)和電路）等，都可以用圖的形式來表示，這些圖中會(huì)包括各種各樣的子圖 subgraphs。網(wǎng)絡(luò)的一個(gè)重要的局部性質(zhì)是所謂的網(wǎng)絡(luò)模體，即重復(fù)且具有統(tǒng)計(jì)意義的子圖或模式 patterns。

網(wǎng)絡(luò)模體 Network motifs(NM)是指在特定網(wǎng)絡(luò)或各種網(wǎng)絡(luò)中重復(fù)出現(xiàn)的相同的子圖。這些子圖由頂點(diǎn)之間特定的交互模式定義，一個(gè)子圖便可以反映一個(gè)框架，這個(gè)框架可以有效地實(shí)現(xiàn)某個(gè)特定的功能。事實(shí)上，之所以說模體是一個(gè)重要的特性，正是因?yàn)樗鼈兛赡芊从吵鰧?yīng)網(wǎng)絡(luò)功能的這一性質(zhì)。近年來這一概念作為揭示復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)設(shè)計(jì)原理的一個(gè)有用概念而受到了廣泛的關(guān)注。^[1] 但是，雖然通過研究網(wǎng)絡(luò)模體可以深入了解網(wǎng)絡(luò)的功能，但是對于模體的檢測在計(jì)算上是具有挑戰(zhàn)性的。

目錄

• 1定義
• 2歷史
• 3模體發(fā)現(xiàn)算法
  • 3.1mfinder 算法
  • 3.2FPF (Mavisto)算法
  • 3.3ESU (FANMOD)算法及對應(yīng)的軟件
  • 3.4G-Tries
  • 3.5對比
  • 3.6算法的分類
• 4已知的模體及其功能
  • 4.1負(fù)自反饋調(diào)控(NAR)
  • 4.2正自反饋調(diào)控(PAR)
  • 4.3前饋回路 (FFL)
  • 4.4一致前饋回路類型一(C1-FFL)
  • 4.5非一致前饋回路類型一(I1-FFL)
  • 4.6多輸出前饋回路
  • 4.7單一輸入模塊(SIM)
  • 4.8密集交蓋調(diào)節(jié)網(wǎng)(DOR)
• 5活動(dòng)模體
• 6批判
• 7另參
• 8參考文獻(xiàn)
• 9外部鏈接
• 10編者推薦
  • 10.1集智相關(guān)文章
    • 10.1.1Science經(jīng)典：復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)的簡單構(gòu)造模塊——網(wǎng)絡(luò)模體

工具鏈接：
https://www.weizmann.ac.il/mcb/UriAlon/download/network-motif-software