——by不是殺殺
雖然大多數(shù)時候在Windows下和在Jupyter中能夠非常方便快捷地進(jìn)行R語言編程，但對于處理數(shù)據(jù)量較大的工作時，還是避免不了需要在服務(wù)器上運(yùn)行我們寫的代碼，那么我們要如何方便快捷地將代碼編寫成腳本移植到服務(wù)器上運(yùn)行呢？
要在服務(wù)器上運(yùn)行R，首先要有R的環(huán)境。
R的安裝（Debian）
sudo apt install r-base
查看安裝是否成功
R --version
有了R語言環(huán)境我們就可以編寫我們的腳本了
編寫腳本
可以直接將Windows下我們寫好的代碼拷貝到服務(wù)器上，或者用vim創(chuàng)建文本文件，將文件命名后綴為.R的文件。
腳本的運(yùn)行
Rscript 腳本名稱.R
以上是基礎(chǔ)的R語言腳本的使用
接下來是進(jìn)階版——編寫R語言工具（入門）
有時候我們寫了一個函數(shù)，但是不想沒錯都通過修改腳本的方法修改參數(shù)（比如數(shù)據(jù)路徑等），我們可以通過命令行傳遞參數(shù)的方法，將我們的腳本編寫成一個小工具。
R語言命令行參數(shù)傳遞函數(shù)
- commadArgs()
R自帶的函數(shù)，按順序位置傳遞參數(shù)，無法編寫幫助文檔，用于簡單腳本
- getopt()
getopt包中函數(shù)?？梢暂敵鰩椭臋n。
3. OptionParser()
optparse包中函數(shù)，可以自定義參數(shù)名字以及輸出幫助文檔，今天主要給大家介紹這個函數(shù)的用法
首先安裝optparse包
install. Packages(‘optparse’)
接著在我們編寫好的腳本中，寫好我們的函數(shù)
假設(shè)我們的腳本名稱為Afunction.R 里面有下面這樣的函數(shù)
Afunction<- function(x,y){……} #這個函數(shù)有兩個參數(shù) x和y
要想將其變成方便的小工具我們需要將這個腳本變成這樣：
library('optparse') #調(diào)用optpares包
option_list <- list( #構(gòu)建參數(shù)列表
make_option( c("-d", "--data"), type = "character", default = FALSE, help = "輸入文件"),
make_option( c("-c", "--cutoff"), type = "integer", default = 0, help = "選取閾值"),
# type為輸入?yún)?shù)的類型，有“l(fā)ogical”, “integer”, “double”,“complex”, “character”這幾種類型
# default為該參數(shù)的默認(rèn)值，當(dāng)用戶沒有輸入該值時使用默認(rèn)值，
#help為輸出的幫助信息
) #有幾個參數(shù)就用幾個make_option
opt_parser = OptionParser(option_list=option_list) #解析參數(shù)
opt = parse_args(opt_parser) #解析參數(shù)
x1 = opt$data #將輸入的-d參數(shù)傳遞給x
y1 = opt$cutoff #將輸入的-c參數(shù)傳遞給y
Afunction<- function(x,y){……} #函數(shù)本身
write.table(Afunction(x1,y1),"result.csv",quote = F,col.names = T,row.names = F,sep=',') #調(diào)用函數(shù)并將結(jié)果保存成文件輸出
這樣我們就能直接在我們的命令行運(yùn)行我們的小工具了
如在命令行中輸入：
Rscript Afunction.R -d ./Data.tsv -c 9 #輸入文件為Data.tsv 閾值為9
還有可以通過 -h參數(shù)輸出幫助文檔
Rscript Afunction.R -h #輸出幫助文檔
實例：最近寫的一個奇怪的小腳本
通過-h輸出自己能看懂的幫助文檔（別人能看懂那就更好了
期間還遇到一個小問題：如何傳遞為數(shù)組的參數(shù)
因為沒有看到type可以為數(shù)組之類的類型，所以用一個比較簡單直接的方法解決：以字符串的形式按規(guī)定的格式進(jìn)行輸入，再通過strsplit分割，再轉(zhuǎn)變?yōu)閿?shù)值。
