前言

將vcf轉(zhuǎn)化為plink格式時(shí)，命令如下：

plink --vcf  snp.vcf --recode --allow-extra-chr --out test

出現(xiàn)錯(cuò)誤：

Error: Multiple instances of '_' in sample ID.
If you do not want '_' to be treated as a FID/IID delimiter, use --double-id or
--const-fid to choose a different method of converting VCF sample IDs to PLINK
IDs, or --id-delim to change the FID/IID delimiter.

原因

報(bào)錯(cuò)信息中已有提示。

plink默認(rèn)使用下劃線對(duì)樣本名進(jìn)行分隔，分隔的兩個(gè)字段分別作為ped文件中的family id和sample id, 如果vcf中的樣本名含有多個(gè)下劃線，無(wú)法正確進(jìn)行劃分，軟件會(huì)報(bào)錯(cuò)。

解決方法

方法一：修改樣本名

假設(shè)你的vcf文件樣本名在第7行：

sed -i '7s/_/-/g' snp.vcf

方法二：修改--id-delim

--id-delim參數(shù)設(shè)定默認(rèn)分隔符是下劃線，可以設(shè)置成其他字符，以達(dá)到正確區(qū)分的目的。

方法三：加入--double_id或--const-fid參數(shù)

通過(guò)加入?yún)?shù)指定family_id的設(shè)定方式，有兩種參數(shù)。

第一種--double_id, 將family id和sample id保持相同。對(duì)于植物基因組分析而言，常忽略父母本，加入這個(gè)參數(shù)即可：

plink --vcf  snp.vcf --recode --allow-extra-chr --double_id --out test

第二種--const-fid將family id設(shè)置成一個(gè)常量（默認(rèn)值是0）。

https://cloud.tencent.com/developer/article/1556166
https://www.cog-genomics.org/plink2/input