DimPlot散點(diǎn)圖解決顏色疊加問(wèn)題

問(wèn)題:

有時(shí)候拿到的樣本的UMAP圖形如下:
灰色的細(xì)胞點(diǎn)多于紫色的細(xì)胞點(diǎn),顯示的結(jié)果都是都一個(gè)樣本的細(xì)胞


F1.png

針對(duì)以上問(wèn)題
DimPlot有個(gè)參數(shù):shuffle可以解決這個(gè)問(wèn)題

  • shuffle: 一個(gè)邏輯值,指定是否在繪制前隨機(jī)打亂點(diǎn)的順序。有助于避免繪圖中的遮擋問(wèn)題。
DimPlot(pbmc, reduction = "umap", group.by = "stim",cols = c("purple","grey"),shuffle = TRUE)

運(yùn)行的結(jié)果:


F2.png

展示的結(jié)果相比較上面的結(jié)果樣本之間的細(xì)胞顯示效果更好一些。

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