問(wèn)題:
有時(shí)候拿到的樣本的UMAP圖形如下:
灰色的細(xì)胞點(diǎn)多于紫色的細(xì)胞點(diǎn),顯示的結(jié)果都是都一個(gè)樣本的細(xì)胞

F1.png
針對(duì)以上問(wèn)題
DimPlot有個(gè)參數(shù):shuffle可以解決這個(gè)問(wèn)題
- shuffle: 一個(gè)邏輯值,指定是否在繪制前隨機(jī)打亂點(diǎn)的順序。有助于避免繪圖中的遮擋問(wèn)題。
DimPlot(pbmc, reduction = "umap", group.by = "stim",cols = c("purple","grey"),shuffle = TRUE)
運(yùn)行的結(jié)果:

F2.png
展示的結(jié)果相比較上面的結(jié)果樣本之間的細(xì)胞顯示效果更好一些。