寫在前面的話

作為一個理科男，也許我的科研能力達(dá)不到理工男的平均水準(zhǔn)。但你要是說比審美，那我想說在座的各位都是弟弟。每當(dāng)導(dǎo)師讓我畫圖時，紅黃綠三原色都是我的第一選擇。于是我畫的圖往往就成了如下樣式：

image

果然沒有一點點做作，好看，顯眼，清晰，自然……

正文

不自黑了，回到正題。在科研的過程中，我想很多人應(yīng)該和我一樣或多或少會遇到畫圖的配色問題。我腦子里想的顏色是這樣的，可一旦用代碼實現(xiàn)，就立刻被自己的審美深深的震撼。本文，為了解決這個問題，給出了兩種方法。

RColorBrewer配置所需顏色

RColorBrewer提供了3套配色方案：

1. 連續(xù)性（Sequential），顏色漸變，由淺到深。通常在畫圖時，我們會使用淺色表示較低的值，深色表示較高的值
2. 離散型（Qualitative），生成差異顯著的顏色（如前文所說的紅黃藍(lán)，但要好看很多），通常用來標(biāo)注分類數(shù)據(jù)。
3. 發(fā)散性（Diverging），兩端深，中間淺色，強(qiáng)調(diào)從一個深色到另一個神色的漸變（畫熱圖時經(jīng)常會使用）。還可以用這種色調(diào)畫圖以標(biāo)注圖中的離群點。

下面給出三種不同類型配色的調(diào)色盤樣式，可以使用命令 display.brewer.all() 調(diào)用 ：

Sequential

Qualitative

Diverging

RColorBrewer除了給出了合適的配色方案，還有一個優(yōu)點，那就是會告訴你這種配色方案是否對色盲友好。輸入 brewer.pal.info ，會給出下面的信息：

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• 第一列給出的是顏色名稱，比如第一個就是 BrBG
• 第二列給出的是該顏色方案的最大數(shù)量，如 BrBG 類型最多支持11種顏色
• 第三列給出的就是前面所講的三類配色方案的簡稱。
• 第四列 colorblind 表示的是否對色盲友好

我們可以使用 display.brewer.pal 命令查看各種配色類型的具體情況，如display.brewer.pal(11,'BrBG') 會出現(xiàn)下面所示的圖案：

image

有時候我們不想使用全部顏色，只想要使用某個配色方案中的三四種顏色怎么辦呢？使用命令 brewer.pal 即可，如我們輸入brewer.pal(11,'BrBG') ，結(jié)果如下：

image

我們可以看到 RColorBrewer 包中的所有顏色都是以十六進(jìn)制顏色格式存儲的，每一個顏色都對應(yīng)有一個十六進(jìn)制表示。

此外， RColorBrewer 包中某一種配色的種類是有限制的，比如 seq 類型配色都只有9個顏色。不過，好在我們可以使用 colorRampPalette 函數(shù)創(chuàng)建顏色梯度。比如：

mycolor <- brewer.pal(9,'YlOrRd') # 生成某個顏色類型的9種顏色
pal <- colorRampPalette(mycolor) # 生成顏色梯度
mycolors <- pal(24) # 設(shè)置生成24個梯度
# 上面兩行代碼等價于 mycolors <- colorRampPalette(mycolor)(24)

barplot(1:24,col = mycolors)

生成的結(jié)果如下：

image

總結(jié)

• display.brewer.all() 調(diào)用所有的配色方案（圖示）
• brewer.pal.info 展示所有的配色方案（文字）
• display.brewer.pal(num,clor_name) 如：display.brewer.pal(11,'BrBG')
• 使用 colorRampPalette 函數(shù)創(chuàng)建顏色梯度

rPlotter配色——所見即所得

第一次知道這個包，來自于Y叔那篇“食色性也”的文章。雖然上述的 RColorBrewer 包給了我們很多優(yōu)秀的配色，但是很多時候我們偶然看到了一個圖片、一個海報、一幀電影畫面，想要利用其中的配色該怎么辦呢？你可能會覺得這怎么可能？但是 rPlotter 包讓不可能成為可能。

它是怎么實現(xiàn)的呢？主要是利用 EBImage 包將圖片讀入，并存儲為一個RGB的三維矩陣。然后利用k-means
聚類，把中心點顏色報出來即可。下面簡單的介紹一下使用方法，并給出幾個例子：
先隨機(jī)找個圖，比如電影《你的名字》海報：
[圖片上傳失敗...(image-5a79c5-1586482322683)]

# 加載包
library('rPlotter')

# 將圖片鏈接存入，轉(zhuǎn)換為三局矩陣，并設(shè)置所需顏色的
pal = extract_colours("http://img5.mtime.cn/CMS/News/2017/09/28/095202.11304096_620X620.jpg")
barplot(1:5, col=pal)

結(jié)果如下，明顯比我之前的紅黃藍(lán)好多了…… 以后在辦公室看動畫，再也不怕被訓(xùn)了，可以大聲的告訴導(dǎo)師，我在為figure選配色?。?！

聲明一下，如果因此被老板訓(xùn)，我不負(fù)責(zé)~

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安裝

rPlotter 包的安裝有點麻煩，下面是官方推薦的安裝流程。我試了試這個安裝流程，雖然中間出現(xiàn)了幾個問題，但是按照錯誤提示，最后還是可以成功安裝的。

## CRAN Packages
install.packages(c("ggplot2", "stringr", "reshape2", "dichromat"))

## EBImage
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("EBImage")

## Packages on GitHub
library(devtools)
install_github("ramnathv/rblocks")

## And finally ...
install_github("woobe/rPlotter")