? ? ? ?在學(xué)習(xí)R的時(shí)候，R的包眾多，很多時(shí)候?qū)τ诔鯇W(xué)者會(huì)造成很大的困擾就是不知道用什么樣的包比較合適。我會(huì)在不斷使用R的過(guò)程中，進(jìn)行使用同時(shí)結(jié)合使用體驗(yàn)為大家推薦合適的R包。避免重復(fù)學(xué)習(xí)，以節(jié)約時(shí)間。
lastupdate：2019來(lái)來(lái)10月15日
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? ? ? ? 標(biāo)了【精】的是需要重點(diǎn)研究和掌握的包。
1、數(shù)據(jù)導(dǎo)入
以下R包主要用于數(shù)據(jù)導(dǎo)入和保存數(shù)據(jù)
feather：一種快速，輕量級(jí)的文件格式。在R和python上都可使用
【精】readr：實(shí)現(xiàn)表格數(shù)據(jù)的快速導(dǎo)入。https://readr.tidyverse.org
readxl：讀取Microsoft Excel電子表格數(shù)據(jù)
openxlsx：讀取Microsoft Excel電子表格數(shù)據(jù)
googlesheets：讀取google電子表格數(shù)據(jù)
haven：讀取SAS，SPSS和Stata統(tǒng)計(jì)軟件格式的數(shù)據(jù)
httr：從網(wǎng)站開(kāi)放的API中讀取數(shù)據(jù)，httr也是Hadley大神的作品之一。官方簡(jiǎn)介
rvest：網(wǎng)頁(yè)數(shù)據(jù)抓取包
xml2：讀取HTML和XML格式數(shù)據(jù)
Rselenium：Selenium也是一個(gè)用于Web應(yīng)用程序測(cè)試的工具，Selenium測(cè)試直接運(yùn)行在瀏覽器中，就像真正的用戶在操作一樣。RSelenium是通過(guò)調(diào)用Selenium Sever來(lái)模擬瀏覽器環(huán)境，實(shí)現(xiàn)爬蟲(chóng)功能。官方網(wǎng)址
webreadr：讀取常見(jiàn)的Web日志格式數(shù)據(jù)
DBI：數(shù)據(jù)庫(kù)管理系統(tǒng)通用接口包
RMySQL：用于連接MySQL數(shù)據(jù)庫(kù)的R包
RPostgres：用于連接PostgreSQL數(shù)據(jù)庫(kù)的R包
ROracle：連接Oracle數(shù)據(jù)庫(kù)的R包，依賴于DBI包，詳見(jiàn)
bigrquery用于連接Google BigQuery的R包
PivotalR：用于讀取Pivitol（Greenplum）和HAWQ數(shù)據(jù)庫(kù)中的數(shù)據(jù)
dplyr：提供了一個(gè)訪問(wèn)常見(jiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)的接口
data.table：data.table包的fread()函數(shù)可以快速讀取大數(shù)據(jù)集
git2r：用于訪問(wèn)git倉(cāng)庫(kù)
rlist：處理list數(shù)據(jù)的包?介紹
2、數(shù)據(jù)整理
以下R包主要用于數(shù)據(jù)整理，以便于你后續(xù)建模分析：
【精】tidyr：用于整理表格數(shù)據(jù)的布局
【精】dplyr：用于將多個(gè)數(shù)據(jù)表連接成一個(gè)整齊的數(shù)據(jù)集
purrr：函數(shù)式編程工具，在做數(shù)據(jù)整理時(shí)非常有用。
broom：用于將統(tǒng)計(jì)模型的結(jié)果整理成數(shù)據(jù)框形式
zoo：定義了一個(gè)名zoo的S3類(lèi)型對(duì)象，用于描述規(guī)則的和不規(guī)則的有序的時(shí)間序列數(shù)據(jù)。
3、文本處理
jiebaR：中文分詞工具，github地址，說(shuō)明文檔。
cidian：字典轉(zhuǎn)換工具 , github地址。
4、數(shù)據(jù)可視化
以下R包用于數(shù)據(jù)可視化：
【精】ggplot2及其擴(kuò)展：ggplot2包提供了一個(gè)強(qiáng)大的繪圖系統(tǒng)，并實(shí)現(xiàn)了以下擴(kuò)展
ggthemes：提供擴(kuò)展的圖形風(fēng)格主題
ggmap：提供Google Maps，Open Street Maps等流行的在線地圖服務(wù)模塊
ggiraph：繪制交互式的ggplot圖形
ggstance：實(shí)現(xiàn)常見(jiàn)圖形的橫向版本
GGally：繪制散點(diǎn)圖矩陣
ggalt：添加額外的坐標(biāo)軸，geoms等
【精】ggpubr: 生成雜志期刊等出版物的圖形的包，是ggplot的一個(gè)補(bǔ)充。
ggforce：添加額外geoms等
ggrepel：用于避免圖形標(biāo)簽重疊,美化ggplot；
ggraph：用于繪制網(wǎng)絡(luò)狀、樹(shù)狀等特定形狀的圖形,用于繪制網(wǎng)絡(luò)圖等；
ggpmisc：光生物學(xué)相關(guān)擴(kuò)展
geomnet：繪制網(wǎng)絡(luò)狀圖形
ggExtra：繪制圖形的邊界直方圖
gganimate：繪制動(dòng)畫(huà)圖
plotROC：繪制交互式ROC曲線圖
ggspectra：繪制光譜圖
ggnetwork：網(wǎng)絡(luò)狀圖形的geoms
ggradar：繪制雷達(dá)圖
ggTimeSeries：時(shí)間序列數(shù)據(jù)可視化
ggtree：樹(shù)圖可視化
ggseas：季節(jié)調(diào)整工具
lattice：生成柵欄圖
rgl：交互式3D繪圖
ggvis：交互式圖表多功能系統(tǒng)
htmlwidgets：一個(gè)專(zhuān)為R語(yǔ)言打造的可視化JS庫(kù)，R的js接口，可以通過(guò)它打通R代碼和JS庫(kù)之間的通道，使R可以輕松使用豐富的JS庫(kù)。
leaflet：繪制交互式地圖
dygraphs：繪制交互式時(shí)間序列圖，利用htmlwidgets開(kāi)發(fā)的時(shí)間序列交互圖形RStudio出品。
plotly：交互式繪圖包，中文介紹詳見(jiàn)這里
rbokeh：用于創(chuàng)建交互式圖表和地圖，中文介紹
Highcharter：繪制交互式Highcharts圖
visNetwork：繪制交互式網(wǎng)狀圖
networkD3：繪制交互式網(wǎng)狀圖
d3heatmap：繪制交互式熱力圖，中文介紹
DT：用于創(chuàng)建交互式表格
threejs：繪制交互式3d圖形和地球儀
rglwidget：繪制交互式3d圖形
DiagrammeR：繪制交互式圖表
MetricsGraphics：繪制交互式MetricsGraphics圖
rCharts：提供了對(duì)多個(gè)javascript數(shù)據(jù)可視化庫(kù)（highcharts/nvd3/polychart）的R封裝。
recharts:Recharts是百度echarts的接口封裝，目前有recharts，echartr等。ECharts，一個(gè)使用 JavaScript 實(shí)現(xiàn)的開(kāi)源可視化庫(kù)，可以流暢的運(yùn)行在 PC 和移動(dòng)設(shè)備上，兼容當(dāng)前絕大部分瀏覽器（IE8/9/10/11，Chrome，F(xiàn)irefox，Safari等），底層依賴輕量級(jí)的矢量圖形庫(kù)?ZRender，提供直觀，交互豐富，可高度個(gè)性化定制的數(shù)據(jù)可視化圖表。
coefplot：可視化統(tǒng)計(jì)模型結(jié)果
【精】quantmod：可視化金融圖表
colorspace：基于HSL的調(diào)色板
viridis：Matplotlib viridis調(diào)色板
munsell：Munsell調(diào)色板
RColorBrewer：圖形調(diào)色板
igraph：用于網(wǎng)絡(luò)分析和可視化，分析網(wǎng)絡(luò)圖；
tidygraph:用于網(wǎng)絡(luò)分析的圖形化工具，分析網(wǎng)絡(luò)圖等。github地址
latticeExtra：lattice繪圖系統(tǒng)擴(kuò)展包
sp：空間數(shù)據(jù)工具；
【精】Complexheatmap:bioconductor出品的熱圖繪制工具，目前是我用過(guò)的最好用的熱圖繪制工具;
5、數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換
以下R包用于將數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為新的數(shù)據(jù)類(lèi)型
dplyr：一個(gè)用于高效數(shù)據(jù)清理的R包。視頻學(xué)習(xí)課程
magrittr：一個(gè)高效的管道操作工具包。
tibble：高效的顯示表格數(shù)據(jù)的結(jié)構(gòu)
stringr：一個(gè)字符串處理工具集
lubridate：用于處理日期時(shí)間數(shù)據(jù)
xts：xts是對(duì)時(shí)間序列數(shù)據(jù)(zoo)的一種擴(kuò)展實(shí)現(xiàn)，提供了時(shí)間序列的操作接口。
data.table：用于快速處理大數(shù)據(jù)集
vtreat：一個(gè)對(duì)預(yù)測(cè)模型進(jìn)行變量預(yù)處理的工具
stringi：一個(gè)快速字符串處理工具
Matrix：著名的稀疏矩陣包
6、統(tǒng)計(jì)建模與推斷
下述R包是統(tǒng)計(jì)建模最常用的幾個(gè)R包，其中的一些R包適用于多個(gè)主題。
car：提供了大量的增強(qiáng)版的擬合和評(píng)價(jià)回歸模型的函數(shù)。
Hmisc：提供各種用于數(shù)據(jù)分析的函數(shù)
multcomp：參數(shù)模型中的常見(jiàn)線性假設(shè)的同時(shí)檢驗(yàn)和置信區(qū)間計(jì)算，包括線性、廣義線性、線性混合效應(yīng)和生存模型。
pbkrtest用于線性混合效應(yīng)模型的參數(shù)Bootstrap檢驗(yàn)
MatrixModels：用于稠密矩陣和稀疏矩陣建模
mvtnorm：用于計(jì)算多元正態(tài)分布和t分布的概率，分位數(shù)，隨機(jī)偏差等
SparseM：用于稀疏矩陣的基本線性代數(shù)運(yùn)算
lme4：利用C++矩陣庫(kù) Eigen進(jìn)行線性混合效應(yīng)模型的計(jì)算。
broom：將統(tǒng)計(jì)模型結(jié)果整理成數(shù)據(jù)框形式
caret：一個(gè)用于解決分類(lèi)和回歸問(wèn)題的數(shù)據(jù)訓(xùn)練綜合工具包
glmnet：通過(guò)極大懲罰似然來(lái)擬合廣義線性模型
gbm：用于實(shí)現(xiàn)隨機(jī)梯度提升算法
xgboost：全稱(chēng)是eXtreme Gradient Boosting。是Gradient Boosting Machine的一個(gè)c++實(shí)現(xiàn)。目前已制作了xgboost工具的R語(yǔ)言接口。詳見(jiàn)統(tǒng)計(jì)之都的一篇介紹
randomForest：提供了用隨機(jī)森林做回歸和分類(lèi)的函數(shù)
ranger：用于隨機(jī)森林算法的快速實(shí)現(xiàn)
h2o：H2O是0xdata的旗艦產(chǎn)品，是一款核心數(shù)據(jù)分析平臺(tái)。它的一部分是由R語(yǔ)言編寫(xiě)的，另一部分是由Java和Python語(yǔ)言編寫(xiě)的。用戶可以部署H2O的R程序安裝包，之后就可以在R語(yǔ)言環(huán)境下運(yùn)行了。
ROCR：通過(guò)繪圖來(lái)可視化分類(lèi)器的綜合性能。
pROC：用于可視化，平滑和對(duì)比ROC曲線
7、機(jī)器學(xué)習(xí)
H2O：H2O是開(kāi)源的機(jī)器學(xué)習(xí)算法包；
factoextra：多變量分析以及其圖形化；Factoextra R Package: Easy Multivariate Data Analyses and Elegant Visualization - Easy Guides - Wiki - STHDA
Rstan:Stan概率編程語(yǔ)言的R語(yǔ)言接口，stan的數(shù)學(xué)庫(kù)提供了可微的概率函數(shù)和線性代數(shù)(C ++ autodiff)，R包中還提供了基于表達(dá)式的線性建模，后驗(yàn)概率可視化和留一法交叉驗(yàn)證。
8、溝通交流
以下R包用于實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)科學(xué)結(jié)果的自動(dòng)化報(bào)告，以便于你跟人們進(jìn)行溝通交流。
rmarkdown ：用于創(chuàng)建可重復(fù)性報(bào)告和動(dòng)態(tài)文檔
knitr：用于在PDF和HTML文檔中嵌入R代碼塊
flexdashboard：基于rmarkdown，可以輕松的創(chuàng)建儀表盤(pán)
bookdown：以R Markdown為基礎(chǔ)，用于創(chuàng)作書(shū)籍和長(zhǎng)篇文檔
rticles：提供了一套R(shí) Markdown模板
tufte：用于實(shí)現(xiàn)Tufte講義風(fēng)格的R Markdown模板
DT：用于創(chuàng)建交互式的數(shù)據(jù)表
pixiedust：用于自定義數(shù)據(jù)表的輸出
xtable：用于自定義數(shù)據(jù)表的輸出
highr：用于實(shí)現(xiàn)R代碼的LaTeX或HTML格式輸出
formatR：通過(guò)tidy_source函數(shù)格式化R代碼的輸出
yaml：用于實(shí)現(xiàn)R數(shù)據(jù)與YAML格式數(shù)據(jù)之間的通信。
9、自動(dòng)化分析
以下R包用于創(chuàng)建自動(dòng)化分析結(jié)果的數(shù)據(jù)科學(xué)產(chǎn)品：
shiny：一個(gè)使用R語(yǔ)言開(kāi)發(fā)交互式web應(yīng)用程序的工具。中文教程
shinydashboard：用于創(chuàng)建交互式儀表盤(pán)
shinythemes：給出了Shiny應(yīng)用程序的常用風(fēng)格主題
shinyAce：為Shiny應(yīng)用程序開(kāi)發(fā)者提供Ace代碼編輯器。
shinyjs：用于在Shiny應(yīng)用程序中執(zhí)行常見(jiàn)的JavaScript操作
miniUI：提供了一個(gè)UI小部件，用于在R命令行中集成交互式應(yīng)用程序
shinyapps.io：為創(chuàng)建的Shiny應(yīng)用程序提供托管服務(wù)
Shiny Server Open Source：為Shiny應(yīng)用程序提供開(kāi)源免費(fèi)的服務(wù)器
Shiny Server Pro：為企業(yè)級(jí)用戶提供一個(gè)Shiny應(yīng)用程序服務(wù)器
rsconnect：用于將Shiny應(yīng)用程序部署到shinyapps.io
plumber：由Rstudio開(kāi)發(fā)，用于將R代碼轉(zhuǎn)化為一個(gè)web API,供其他應(yīng)用訪問(wèn)，可以用R快速構(gòu)建web應(yīng)用。官方地址：https://www.rplumber.io
rmarkdown：用于創(chuàng)建可重復(fù)性報(bào)告和動(dòng)態(tài)文檔
rstudioapi：用于安全地訪問(wèn)RStudio IDE的API
10、程序開(kāi)發(fā)
以下這些包主要用于開(kāi)發(fā)自定義的R包：
【精】RStudio Desktop IDE：R的IDE。大家都懂，不用解釋。
RStudio Server Open Source：開(kāi)源免費(fèi)的RStudio服務(wù)器
RStudio Server Professional：商業(yè)版RStudio服務(wù)器
devtools：一個(gè)讓開(kāi)發(fā)R包變得簡(jiǎn)單的工具集
packrat：創(chuàng)建項(xiàng)目的特定庫(kù)，用于處理包的版本問(wèn)題，增強(qiáng)代碼重現(xiàn)能力。
drat：一個(gè)用于創(chuàng)建和使用備選R包庫(kù)的工具
testthat：?jiǎn)卧獪y(cè)試，讓R包穩(wěn)定、健壯，減少升級(jí)的痛苦。
roxygen2：通過(guò)注釋的方式，生成文檔，遠(yuǎn)離Latex的煩惱。
purrr：一個(gè)用于 提供函數(shù)式編程方法的工具
profvis：用于可視化R代碼的性能分析數(shù)據(jù)
Rcpp：用于實(shí)現(xiàn)R與C++的無(wú)縫整合。詳見(jiàn)統(tǒng)計(jì)之都文章
R6：R6是R語(yǔ)言的一個(gè)面向?qū)ο蟮腞包，可以更加高效的構(gòu)建面向?qū)ο笙到y(tǒng)。
htmltools：用于生成HTML格式輸出
nloptr：提供了一個(gè)NLopt非線性優(yōu)化庫(kù)的接口
minqa：一個(gè)二次近似的優(yōu)化算法包
rngtools：一個(gè)用于處理隨機(jī)數(shù)生成器的實(shí)用工具
NMF：提供了一個(gè)執(zhí)行非負(fù)矩陣分解的算法和框架
crayon：用于在輸出終端添加顏色
RJSONIO：rjson是一個(gè)R語(yǔ)言與json進(jìn)行轉(zhuǎn)的包，是一個(gè)非常簡(jiǎn)單的包，支持用 C類(lèi)庫(kù)轉(zhuǎn)型和R語(yǔ)言本身轉(zhuǎn)型兩種方式。
jsonlite：用于實(shí)現(xiàn)R語(yǔ)言與json數(shù)據(jù)格式之間的轉(zhuǎn)化
RcppArmadillo：提供了一個(gè)Armadillo C++ Library（一種C++的線性代數(shù)庫(kù)）的接口
11、實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)
以下R包給出了案例實(shí)戰(zhàn)過(guò)程中可用的訓(xùn)練數(shù)據(jù)集：
babynames：包含由美國(guó)社會(huì)保障局提供的三個(gè)數(shù)據(jù)集
neiss：2009-2014年期間提供給美國(guó)急診室的所有事故報(bào)告樣本數(shù)據(jù)
yrbss：美國(guó)疾病控制中心2009-2013年期間青年危險(xiǎn)行為監(jiān)測(cè)系統(tǒng)數(shù)據(jù)
hflights：
USAboundaries：2011年全年休斯頓機(jī)場(chǎng)的所有航班數(shù)據(jù)
rworldmap：國(guó)家邊界數(shù)據(jù)
usdanutrients：美國(guó)農(nóng)業(yè)部營(yíng)養(yǎng)數(shù)據(jù)庫(kù)
fueleconomy：美國(guó)環(huán)保署1984-2015年期間的燃油經(jīng)濟(jì)數(shù)據(jù)
nasaweather：包含了一個(gè)覆蓋中美洲的非常粗糙的24*24格地理位置和大氣測(cè)量數(shù)據(jù)。
mexico-mortality：墨西哥死亡人數(shù)數(shù)據(jù)
data-movies和ggplotmovies：來(lái)自互聯(lián)網(wǎng)電影數(shù)據(jù)庫(kù)imdb.com的數(shù)據(jù)
pop-flows：2008年全美人口流動(dòng)數(shù)據(jù)
data-housing-crisis：經(jīng)過(guò)清洗后的2008美國(guó)房地產(chǎn)危機(jī)數(shù)據(jù)
gun-sales：紐約時(shí)報(bào)提供的有關(guān)槍支購(gòu)買(mǎi)的每月背景調(diào)查統(tǒng)計(jì)分析數(shù)據(jù)
stationaRy：從成千上萬(wàn)個(gè)全球站點(diǎn)收集到的每小時(shí)氣象數(shù)據(jù)
gapminder：摘自Gapminder的數(shù)據(jù)
janeaustenr：簡(jiǎn)·奧斯丁小說(shuō)全集數(shù)據(jù)
參考
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