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MEME是一個motif分析的工具箱，提供了多種相關(guān)工具，網(wǎng)址如下
http://meme-suite.org/index.html
根據(jù)分析目的和功能，將相關(guān)工具劃分成了以下4大類別
1. Motif Discovery
這部分工具用于預(yù)測輸入序列上的motif信息，支持DNA，RNA或者蛋白序列，對應(yīng)的功能稱之為de novo motif discovery,包含的工具列表如下
MEME
DREME
MEME-ChIP
GLAM2
-
MoMo
常見的應(yīng)用場景是根據(jù)chip_seq等數(shù)據(jù)獲取到的peak序列，挖掘這些序列中存在的模式特征。以MEME為例，輸出結(jié)果示意如下
2. Motif Enrichment
這部分工具用于分析已知的motif在輸入序列上的富集情況，包含的工具列表如下
CentriMo
AME
SpaMo
-
GOMo
常見的應(yīng)用場景是根據(jù)ATAC_seq的peak序列，分析在這些序列中出現(xiàn)富集的已知motif。以CentriMo為例，輸出結(jié)果示意如下
3. Motif Scanning
這部分工具用于分析輸入序列上可能的motif出現(xiàn)的位置，包含的工具列表如下
FIMO
MAST
MCAST
-
GLAM2SCan
常見的應(yīng)用場景是根據(jù)轉(zhuǎn)錄因子的motif，分析在某個基因的啟動子區(qū)序列上是否存在對應(yīng)的結(jié)合位點(diǎn)。以FIMO為例，輸出結(jié)果示意如下
4. Motif Comparison
這部分工具用于比較不同motif之間的相似性，包含了Tomtom這個工具。motif既包含了一致性序列，也包含了PFM矩陣信息，借助這個工具，可以有效的判斷兩個motif之間的相似性。經(jīng)典的應(yīng)用場景是將分析到的de?novo?motif與已知的motif數(shù)據(jù)庫進(jìn)行分析比對，查找相似的motif,?輸出結(jié)果示意如下
MEME同時提供了在線版和本地版，功能強(qiáng)大的同時使用方式也較為簡單，是motif分析的利器。
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