原文地址：Fastq-dump: 一個神奇的軟件 - by hoptop

感謝我洲更學(xué)長~記錄一下看完學(xué)長的這篇文章之后對于我自己的fastq-dump使用建議：

默認(rèn)命令：

fastq-dump /path/to/###.sra

trinity的建議命令

在無參組裝時，使用trinity軟件在使用以上默認(rèn)命令后報錯會提示使用以下的命令：

fastq-dump --defline-seq '@$sn[_$rn]/$ri' --split-files file.sra

根據(jù)洲更學(xué)長的文章，把--split-files改成--split-3會更好一些（具體區(qū)別請移步學(xué)長的簡書文章，鏈接在上方）。

故最后得到命令是這樣的：

日常命令

fastq-dump --defline-seq '@$sn[_$rn]/$ri' --split-3 file.sra -o ../02.fastq

習(xí)慣默認(rèn)輸出到上一層目錄中的02.fastq這個文件夾中。想要輸出到別的位置記得修改-O|--outdir參數(shù)喲

選加參數(shù)：

• --gzip, --bzip2: 以壓縮文件的方式輸出結(jié)果
• --fasta:如果下游分析只需要用到fasta文件。當(dāng)然了也有很多方法能夠把fastq轉(zhuǎn)換成fasta,比如說samtools.（嗯，偷懶必備技能~）

后記：

因為接下來會做蠻多的轉(zhuǎn)錄組或者基因組相關(guān)的工作，fastq-dump軟件簡直是大寶天天見，就像我陳飛師兄說的一樣garbage in, garbage out這第一步就出了岔子后續(xù)再怎么分析都是白搭（突然想起我那11月開始做實驗到現(xiàn)在一個多月因為一開始引物設(shè)計反了導(dǎo)致實驗一點結(jié)果都沒有的師兄。。心疼）