qstat
qstat 查看自己作業(yè)
qstat -u user 查看某個用戶作業(yè)
qstat -u * 查看所有用戶索嘢
qstat -j jobID 查看某個作業(yè)詳細信息
qstat -f 查看自己在每個節(jié)點作業(yè)信息
qhost 查看所有節(jié)點的使用信息
qhost
qhost -j按照節(jié)點顯示任務
qhost -F展示每個節(jié)點的資源
qdel 刪除作業(yè)
qdel jobID 刪除某個作業(yè)
qdel -u usrname 刪除某個用戶的所有任務
qhold掛起任務
qhold job_id 掛起某個作業(yè)
qhold -u * 掛起所有作業(yè)
qsub提交作業(yè)
echo "snakemake" | qsub -cwd -q res
qsub -cwd -l vf=10g,p=2 -S /bin/bash -q res samples_bwa_01001.sh 提交任務到res節(jié)點
-cwd 在當前工作目錄
-l 資源申請 vf 內(nèi)存 p 核心數(shù) h 指定節(jié)點
-q 申請隊列
-N 作業(yè)名
qlogin
qlogin -q res 交互登錄到res節(jié)點
其他
snodes 查看節(jié)點負載
任務狀態(tài)
查看當前用戶在當前節(jié)點提交的所有任務，任務的狀態(tài)有4中情況：
- qw，等待狀態(tài)，剛提交任務的時候是該狀態(tài)，一旦有計算資源了會馬上運行；
- hqw，該任務依賴于其它正在運行的job，待前面的job執(zhí)行完畢后再開始運行，qsub提交任務的時候使用-hold_jid參數(shù)則會是該狀態(tài)；
- Eqw，投遞任務出錯；
- r，任務正在運行；
- s，被暫時掛起，往往是由于優(yōu)先級更高的任務搶占了資源；
- dr，節(jié)點掛掉后，刪除任務就會出現(xiàn)這個狀態(tài)，只有節(jié)點重啟后，任務才會消失。
