python安裝導入openslide報錯

做病理組學研究,需要安裝和導入openslide包,但是這個包比較特殊,安裝起來比較麻煩。記錄如下。

安裝

最開始通過conda安裝,換了幾個channel都沒有找到,最后只能通過pip安裝

pip install Openslide-python

但是導入的時候報錯


報錯

這條報錯提示的是找不到OpenSlide的DLL文件,這很可能是openslide的安裝不完整或者未設置DLL文件的搜索路徑導致的。報錯信息提示可以用os.add_dll_directory試一下。

添加環(huán)境變量

首先在官網(wǎng)下載Windows的包

https://link.zhihu.com/?target=https%3A//openslide.org/download/

解壓縮之后,在環(huán)境變量中加入bin和lib這兩個文件夾的地址,如下圖所示。


環(huán)境變量

然后嘗試導入openslide,還是出現(xiàn)同樣的報錯。

修復DLL路徑

復制bin文件夾的地址,在導入openslide庫之前,增加代碼

import os
os.add_dll_directory(r'C:\Users\Crimson\Documents\openslide\bin')
from openslide import open_slide

再次嘗試運行,成功了


成功了

在服務器上安裝的注意事項

如果是在服務器上安裝的話,需要先用conda裝一些底層的庫之類的

conda install -c conda-forge openslide

安裝完之后再

pip install openslide-python
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