微生物基因組學及比較基因組學分析管道PGCGAP的安裝及使用詳細教程

PGCGAP是用于原核生物基因組學和比較基因組學分析管道，該管道包含12個模塊，可以接受Illumina雙端reads、Oxford reads或PacBio reads作為輸入，可以完成基因組組裝、基因預測和注釋，并可以進行比較基因組學分析，包括構建單拷貝核心蛋白進化樹以及單拷貝核心基因SNPs進化樹，基于Multi-FASTA序列構建進化樹，泛基因組分析，全基因組平均核苷酸一致性（ANI）計算，同源蛋白家族聚類，COG注釋，SNPs和INDELs calling，抗生素抗性基因預測。該管道可以通過conda實現一鍵安裝，現已更新至V1.0.32。

PGCGAP相關鏈接：

Github倉庫：https://github.com/liaochenlanruo/pgcgap

英文網頁：https://www.liaochenlanruo.fun/pgcgap/

中文網頁：https://www.liaochenlanruo.fun/post/848f.html

為了幫助生信初學者或無基礎者熟練使用PGCGAP，我們還在《Protocol exchange》上發(fā)布了“Build a Bioinformatics Analysis Platform and Apply it to Routine Analysis of Microbial Genomics and Comparative Genomics”，帶領大家在個人電腦上搭建生物信息學分析平臺，并通過實例一步步的演示PGCGAP的所有功能用法。

教程及引用地址：

https://dx.doi.org/10.21203/rs.2.21224/v3

生物信息入門學習網頁

英文版：https://github.com/liaochenlanruo/pgcgap/wiki

中文版：https://www.liaochenlanruo.fun/post/f6c9.html

QQ群：945751012

微信公眾號：BMB Bioinformatics

更多生信分析可訪問 了塵蘭若的小坑：https://www.liaochenlanruo.fun

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