circos 是一款perl 語言開發(fā)的畫圖軟件，提供了染色體相關數(shù)據(jù)的一種可視化方式。其制作的圖表精美，被科研工作者廣泛使用。
官網如下：
http://circos.ca/
首先看下安裝過程，官網上提供了3種壓縮包
- 軟件源代碼壓縮包
- 使用手冊的壓縮包
- 相關工具的壓縮包
軟件源代碼是我們安裝過程中需要用到的，使用手冊是官網提供的為了幫助我們學習使用circos而開發(fā)的包，相關工具是一些circos的腳手架，也可以稱為擴展工具。
在下圖中，circos-0.69.6.tgz就是源代碼的安裝包，circos-tutotials-9.67.tgz就是使用手冊的安裝包, circos-tools-0.22.tgz就是相關工具的壓縮包。
http://circos.ca/software/download/
安裝時,我們只需要使用源代碼的安裝包就可以了。由于是使用perl 語言開發(fā)的，所以不需要編譯。只需要下載解壓縮即可，具體過程如下：
wget http://circos.ca/distribution/circos-0.69-6.tgz
tar xzf circos-0.69-6.tgz
cd circos-0.69
解壓縮之后就可以了。安裝好之后，可以用自帶的例子測試一下
cd circos-0.69/example/
../bin/circos -conf etc/circos.conf
運行成功之后，會在當前目錄生成circos.png和circos.svg兩張圖片
如果上述圖片正常生成了，說明circos安裝成功，可以使用了。
如果沒有正常生成，說明缺少一些模塊。下面命令可以查看依賴的perl 模塊是否都安裝成功了，缺少哪個模塊，安裝哪個模塊就可以了。
circos -modules
ok ? ? ? 1.38 Carp
ok ? ? ? 0.39 Clone
ok ? ? ? 2.63 Config::General
ok ? ? ? ?3.3 Cwd
circos的命令非常簡單，只需要提供一個配置文件circos.conf就行了，程序會根據(jù)配置文件，自動讀取數(shù)據(jù)和相關配置，然后生成圖片。學習circos的過程，實際上就是理解conf配置文件中，每項配置的含義和作用。
用于測試的這個配置文件是用于炫技的，充分展示了circcos 的強大，但是并不適用于circos的學習。在官網還很貼心的提供了circos-tutotials-9.67.tgz包，這個包中提供了大量的配置文件的示例，由淺入深將circos的所有功能進行展示，在學習的過程中，直接看這個包里的內容就可以了。
官網還提供了一個更加詳盡的教程，網址如下
http://circos.ca/tutorials/lessons
