如果只學(xué)習(xí)而不練習(xí)，那么你就會(huì)一種自己好像會(huì)了的錯(cuò)覺。為了打破這種錯(cuò)覺，你就需要實(shí)際的去練習(xí)，在實(shí)踐中應(yīng)用你學(xué)習(xí)的知識(shí)。
先要明確自己的要干什么：
應(yīng)用能夠接受用戶上傳的差異表達(dá)分析結(jié)果，然后返回一個(gè)好看的火山圖，后續(xù)用戶可以提供幾個(gè)基因使其在火山圖上進(jìn)行高亮顯示。
第一步: 創(chuàng)建項(xiàng)目
在RStudio中創(chuàng)建Shiny應(yīng)用的項(xiàng)目，具體操作見GIF動(dòng)圖
構(gòu)建網(wǎng)頁(yè)布局
在PPT上繪制大致的布局，如下所示。
根據(jù)布局開始寫代碼，代碼如下
# Define UI for application that draws a histogram
ui <- fillPage(
theme = "yeti",
tags$title("online volcano"),
div(
tags$header(p("在線火山圖", style="font-size:40px"),
p("作者:徐洲更", style="font-size:30px")),
align = "center", style="color:#ffffff; background-color: #4d728d")
,
# Sidebar with a slider input for number of bins
sidebarLayout(
sidebarPanel(
# uploading file
div(
fileInput("csvFile", "Choose defferential analysis result File",
accept = c(
"text/csv",
"text/comma-separated-values,text/plain",
".csv")
)
),
# colname of your geneID, foldchange and pvalue
fluidRow(
column(4,
textInput("geneID", "columna name of your gene ID",
value = "geneID")
),
column(4,
textInput("logFC", "columna name of your logFC",
value = "logFC")
),
column(4,
textInput("pvalue", "columna name of your pvalue",
value = "pvalue")
)
),
# select gene
textInput("selectGene", label = "gene name in your geneID column"),
br(),
numericInput("circlesize", "circle size",
value = 2.0, min = 0.1, max = 5, step = 0.1),
br(),
# select fold change and pvalue
fluidRow(
column(6,
numericInput("logFC1", "log2 Fold Change threshod 1",
value = 1, min = 0, max = 2, step = 0.1)
),
column(6,
numericInput("logFC2", "log2 Fold Change threshod 2",
value = 2, min = 2, max =10, step = 0.2)
)
),
fluidRow(
column(4,
numericInput("pvalue1", "p value threshold 1",
value = 0.05, min = 0.01, max = 0.1, step = 0.01)
),
column(4,
numericInput("pvalue2", "p vlaue threshold 2",
value = 1e-4, min= 1e-5, max = 1e-3, step = 1e-4)
),
column(4,
numericInput("pvalue3", "p vlaue threshold 3",
value = 1e-5, min = 1e-7, max =1e-4, step = 1e-5)
)
)
),
# Show a plot of the generated distribution
mainPanel(
tabsetPanel(
tabPanel("volcano output",
plotOutput("volcanoImage")
),
tabPanel("data table",
dataTableOutput("inputdata"))
)
)
),
tags$footer(p("contact: xuzhougeng@163.com"), align="center")
)
左邊是參數(shù)選擇，右邊用導(dǎo)航欄用于查看導(dǎo)入的數(shù)據(jù)以及最終的結(jié)果展示
布局需要的插件在http://shiny.rstudio.com/reference/shiny/1.2.0/查詢對(duì)應(yīng)的函數(shù)
交互輸出
確定基本布局之后，就可以編寫數(shù)據(jù)處理代碼。
先以簡(jiǎn)單的數(shù)據(jù)展示為例，用戶上傳數(shù)據(jù)后，可以在data的部分查看自己上傳的數(shù)據(jù), server的代碼如下:
# Define server logic required to draw a histogram
server <- function(input, output) {
output$inputdata <- renderDataTable({
# input$file1 will be NULL initially. After the user selects
# and uploads a file, it will be a data frame with 'name',
# 'size', 'type', and 'datapath' columns. The 'datapath'
# column will contain the local filenames where the data can
# be found.
inFile <- input$csvFile
if (is.null(inFile))
return(NULL)
read.csv(inFile$datapath)
})
}
代碼注解: 之前的fileInput控件在用戶成功上傳文件后，相應(yīng)的input變量就被設(shè)置成數(shù)據(jù)框(這里也就是input$csvFile， 此處復(fù)制給inFIle), 每個(gè)數(shù)據(jù)框包含如下列
-
name: 文件名（并非文件路徑） -
size: 文件大小 -
type: 瀏覽器返回的MIME格式報(bào)告 -
datapath，表示文件的存放路徑
根據(jù)datapath就能夠用read.csv進(jìn)行文件讀取。效果如下
這里的讀取數(shù)據(jù)代碼放在renderDataTable中，在繪圖的時(shí)候就還需要讀取一次，因此為了避免不必要的操作，我們可以利用reactive函數(shù).
最后的server代碼如下
# Define server logic required to draw a histogram
server <- function(input, output) {
inputdf <- reactive({
inFile <- input$csvFile
if (is.null(inFile))
return(NULL)
df <- read.csv(inFile$datapath)
pos <- which(colnames(df) %in% c(input$geneID, input$logFC, input$pvalue))
colnames(df)[pos] <- c("geneID","log2FoldChange","pvalue")
df
})
output$inputdata <- renderDataTable({
inputdf()
})
output$volcanoImage <- renderPlot({
if (! is.null(inputdf())){
volcano_plot(inputdf(),
selectgenes = input$selectGene,
log2FC1 = input$logFC1,
log2FC2 = input$logFC2,
pval1 = input$pvalue1,
pval2 = input$pvalue2,
pval3 = input$pvalue3
)
}
})
注: volcano_plot是外部腳本加載的函數(shù)，用于繪制火山圖。
最終效果如下圖
部署
參考這一篇「R shiny基礎(chǔ)」使用shinyapp分享你的Shiny應(yīng)用 對(duì)我的應(yīng)用進(jìn)行部署。
問題
由于這是練手的作品，完成度其實(shí)很低，比如說(shuō)對(duì)方要想下載PDF結(jié)果，或者PNG結(jié)果，這里并沒有提供對(duì)應(yīng)的選項(xiàng)，你只能右擊保存為PNG圖片。
另外就是各種報(bào)錯(cuò)信息都不是特別的完善，用戶出錯(cuò)了不知道如何解決。
