R-基礎(chǔ)分享【1】-基本命令及數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)

這學(xué)期開了統(tǒng)計(jì)機(jī)器學(xué)習(xí)的課程,鑒于薄弱的概率論與統(tǒng)計(jì)學(xué)基礎(chǔ),學(xué)著還比較吃力,但是R語言的實(shí)踐,還是令人興趣十足。接下來的一段時(shí)間里,我便與大家分享我的R語言心得。

基本命令

  • 保存數(shù)據(jù)指令:<-

>x<-c(1,3,2,5)
>x
[1] 1 3 2 5

  • 刪除數(shù)據(jù)指令:rm( )
    ls( )函數(shù)可以查看所有的對象列表,用rm( )函數(shù)可以去除那些我們不想要的對象。
    假設(shè)我們已建立了x,y

>ls()
[1] "x" "y"
>rm(x,y)
>ls()
character(0)

也可以同清除所有的對象:

>rm(list=ls( ) )

  • 展開幫助文件:?
    假如你現(xiàn)在在分析Boston數(shù)據(jù)集,他給你的是一個(gè)數(shù)據(jù)框,根據(jù)?Boston 你就會展開幫助文件,根據(jù)幫助文件,你可以知道這個(gè)數(shù)據(jù)集的數(shù)據(jù)來源,以及每列預(yù)測變量代表的含義。
  • 計(jì)算均值,方差與標(biāo)準(zhǔn)差
    均值mean( )
    方差var( )
    標(biāo)準(zhǔn)差sqrt(var( ) ) 或者 sd( )

>set.seed(3)
>y=rnorm(100)
>mean(y)
[1] 0.01103557
>var(y)
[1] 0.7328675
>sqrt(var(y))
[1] 0.8560768
>sd(y)
[1] 0.8560768

  • 索引數(shù)據(jù)
    在這個(gè)部分里講如何索引數(shù)據(jù),以及如何去除某一行,列的數(shù)據(jù),矩陣的形成我們放到后面的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)中說明。

>A=matrix(1:16,4,4)
>A
  [,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 1 5 9 13
[2,] 2 6 10 14
[3,] 3 7 11 15
[4,] 4 8 12 16

然后輸入以下命令

>A[2,3]
[1] 10

現(xiàn)在選擇了第2行第3列所對應(yīng)的元素,中括號[ ]中的第一個(gè)數(shù)指示的是行,第二個(gè)數(shù)指示的是列。有時(shí)候可以選擇多行和多列。
在索引里用一個(gè)負(fù)號“-”告訴R不包含指示的行和列。

>A[-c(1,3),]
  [,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 2 6 10 14
[2,] 4 8 12 16
>A[-c(1,3),-c(1,3,4)]
[1] 6 8

dim()函數(shù)輸出一個(gè)矩陣的行數(shù),緊跟著輸出這個(gè)矩陣的列數(shù)。

>dim(A)
[1] 4 4

數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)

R語言中數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)分向量,矩陣,數(shù)組,數(shù)據(jù)框,因子,列表 6種

向量

向量是用于存儲數(shù)值型,字符型或邏輯型數(shù)據(jù)的一維數(shù)組。執(zhí)行組合功能的函數(shù)c( )可用來創(chuàng)建向量。各類向量如下例所示:

  • a<-c(1,2,5,3,6,-2,4)
  • b<-c("one","two","three")
  • c<-(TRUE,TRUE,TRUE,FALSE,TRUE,FALSE)
    這里,a是數(shù)值型向量,b是字符型向量,而c是邏輯型向量。注意,單個(gè)向量中的數(shù)據(jù)必須擁有相同的類型或模式。同一向量無法混雜不同模式的數(shù)據(jù)。
  • 注:由于R中內(nèi)置了同名函數(shù)c( ),最好不要在編碼時(shí)使用c作為對象名,否則可能產(chǎn)生一些不易察覺的問題。

矩陣

矩陣是一個(gè)二維數(shù)組,只是每個(gè)元素都擁有相同的模式(數(shù)值型,字符型或邏輯型)。可通過函數(shù)matrix創(chuàng)建矩陣。一般使用格式為:
mymatrix<-matrix ( vector, nrow=number_of_rows, ncol=number_of_columns,
          byrow=logical_value,dimnames=list(
          char_vector_rownames , char_vector_colnames ) )

其中vector包含了矩陣的元素,nrow和ncol用以指示行和列的維數(shù),dimnames包含了可選的、以字符型向量表示的行名和列名。byrow則表明矩陣應(yīng)當(dāng)按行填充(byrow=TRUE)還是按列填充(byrow=FALSE),默認(rèn)情況下按列填充。

For Example:創(chuàng)建矩陣

創(chuàng)建一個(gè)5x4的矩陣
>y<-matrix(1:20,nrow=5,ncol=4)
>y
 [,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 1 6 11 16
[2,] 2 7 12 17
[3,] 3 8 13 18
[4,] 4 9 14 19
[5,] 5 10 15 20

創(chuàng)建一個(gè)2x2的矩陣,并進(jìn)行按行填充
>cells<-c(1,26,24,68)
>rnames<-c("R1","R2")
>cnames<-c("C1","C2")
>mymatrix<-matrix(cells,nrow=2,ncol=2,byrow=TRUE,dimnames=list(rnames,cnames))
>mymatrix
  C1 C2
R1 1 26
R2 24 68
按列填充
>mymatrix<-matrix(cells,nrow=2,ncol=2,byrow=FALSE,dimnames=list(rnames,cnames))
>mymatrix
  C1 C2
R1 1 24
R2 26 68

數(shù)組

數(shù)組(array)與矩陣類似,但是維度可以大于2。數(shù)組可通過array函數(shù)創(chuàng)建,形式如下:

myarray<-array(vector , dimensions , dimnames)
其中vetor包含了數(shù)組中的數(shù)據(jù),dimensions是一個(gè)數(shù)值型向量,給出了各個(gè)維度下標(biāo)的最大值,而dimnames是可選的、各維度名稱標(biāo)簽的列表。

For Example:創(chuàng)建數(shù)組

>dim1<-c("A1","A2")
>dim2<-c("B1","B2","B3")
>dim3<-c("C1","C2","C3","C4")
>z<-array(1:24,c(2,3,4),dimnames=list(dim1,dim2,dim3))
>z
, , C1

B1 B2 B3
A1 1 3 5
A2 2 4 6

, , C2

B1 B2 B3
A1 7 9 11
A2 8 10 12

, , C3

B1 B2 B3
A1 13 15 17
A2 14 16 18

, , C4

B1 B2 B3
A1 19 21 23
A2 20 22 24

數(shù)據(jù)框

數(shù)據(jù)框中不同的列可以包含不同模式(數(shù)值型,字符型等)的數(shù)據(jù)。數(shù)據(jù)框?qū)⑹悄阍赗中最常處理的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)。
數(shù)據(jù)框可通過函數(shù)data.frame( )創(chuàng)建:

mydata<-data.frame(col1, col2 ,col3 ,...)
其中的列向量col1,col2,col3,...可為任何類型(如字符型,數(shù)值型或邏輯型)。每一列的名稱可由函數(shù)names指定。

For Example:創(chuàng)建數(shù)據(jù)框

>patientID<-c(1,2,3,4)
>age<-c(25,34,28,52)
>diabetes<-c("Type1","Type2","Type1","Type1")
>status<-c("Poor","Improved","Excellent","Poor")
>patientdata<-data.frame(patientID,age,diabetes,status)
>patientdata
  patientID age diabetes status
1      1 25   Type1  Poor
2     2 34   Type2  Improved
3      3 28   Type1  Excellent
4      4 52   Type1   Poor

選取數(shù)據(jù)框的數(shù)據(jù)在這里只介紹一個(gè)特別的,那些簡單的就不一一介紹了?!?”,用以選取一個(gè)給定數(shù)據(jù)框中的某個(gè)特定變量

>patientdata$age
[1] 25 34 28 52

除了$符號,我們可以利用attach( ),detach( )和with( )函數(shù)來調(diào)用數(shù)據(jù)框中的數(shù)據(jù)。

  • attach( )和detach( )
    函數(shù)attach( )可將數(shù)據(jù)框添加到R的搜索路徑中。R在遇到一個(gè)變量名以后,講檢查搜索路徑中的數(shù)據(jù)框,以定位這個(gè)變量。
    舉個(gè)例子,有如下代碼:

summary(mtcars$mpg)
plot(mtcars$mpg,mtcars$disp)
plot(mtcars$mpg,mtcars$wt)

以上代碼也可寫成:

attach(mtcars)
  summary(mpg)
  plot(mpg,disp)
  plot(mpg,wt)
detach(mtcars)

  • with( )
    重寫上例:

with(mtcars,{
 summary(mpg,disp,wt)
 plot(mpg,disp)
 plot(mpg,wt)
})

attach( )與with( )函數(shù)之間的區(qū)別,在這里不就說明。如需了解,可給我發(fā)簡信。

因子

變量可歸結(jié)為名義型,有序型或連續(xù)型變量。名義型變量是沒有順序之分的類別型變量。以上patientdata中糖尿病類型Diabetes(Type1,Type2)就是名義型變量的一類。即使在數(shù)據(jù)中Type1編碼為1而Type2編碼為2,但這并不意味著二者是有序的。病情Statu(poor,improved,excellent)是順序型變量的一個(gè)示例。
類別(名義型)變量和有序類別(有序型)變量在R中成為因子(factor)。

舉例來說,有向量:
-diabetes<-c("Type1" , "Type2" , "Type1" , "Type1" )
語句diabetes<- factor(diabetes)將此向量存儲為(1,2,1,1),
并在內(nèi)部關(guān)聯(lián)為1=Type1 ,2=Type2。針對向量diabetes進(jìn)行的任何分析都會將其作為名義型變量對待。

表示有序型變量,就要為函數(shù)factor( )指定參數(shù)ordered=TRUE。
status<- c("Poor" , "Improved" , "Excellent" , "Poor")
語句status<- factor(status,ordered=TRUE)會將向量編碼為(3,2,1,3),
并在內(nèi)部關(guān)聯(lián)為1=Excellent,2=Improved,3=Poor。針對此向量進(jìn)行的任何分析都會將其作為有序型變量對待。

對于字符型向量,因子的水平默認(rèn)依據(jù)字母順序創(chuàng)建。
你可以通過levels來覆蓋默認(rèn)排序
status<- factor(status, order=TRUE,
         levels=c("Poor" , "Improved" , "Excellent" ) )
賦值為 1=Poor,2=Improved, 3=Excellent。

For Example:因子的使用

>patientID<-c(1,2,3,4)
>ge<-c(25,34,28,52)
>status<-c("Poor","Improved","Excellent","Poor")
>diabetes<-c("Type1","Type2","Type1","Type1")
>status<-factor(status,ordered=TRUE)
>patientdata<-data.frame(patientID,age,diabetes,status)
>str(patientdata)
'data.frame': 4 obs. of 4 variables:
$ patientID: num 1 2 3 4
$ age : num 25 34 28 52
$ diabetes : Factor w/ 2 levels "Type1","Type2": 1 2 1 1
$ status : Ord.factor w/ 3 levels "Excellent"<"Improved"<..: 3 2 1 3
>summary(patientdata)
  patientID    age        diabetes   status
Min. :1.00    Min. :25.00    Type1:3   Excellent:1
1st Qu.:1.75   1st Qu.:27.25   Type2:1   Improved :1
Median :2.50   Median :31.00         Poor :2
Mean :2.50    Mean :34.75
3rd Qu.:3.25   3rd Qu.:38.50
Max. :4.00    Max. :52.00

  • str(object)可提供R中某個(gè)對象的信息。

列表

列表(list)是R的數(shù)據(jù)類型中最為復(fù)雜的一種。列表就是一些對象的有序集合。通俗的說,就是某個(gè)列表中可以是若干向量、矩陣、數(shù)據(jù)框,甚至其他列表的組合。
可用list( )創(chuàng)建列表
mylist<- list (object1 , object 2,...)
還可以為列表中的對象命名:
*mylist<- list(name1=object1, name2=object2, ...)

For Example:創(chuàng)建一個(gè)列表

> g<-"My Fist List"
>h<-c(25,26,18,39)
>j<-matrix(1:10,nrow=5)
>k<-c("one","two","three")
>mylist<-list(title=g,ages=h,j,k)
>mylist
$title
[1] "My Fist List"

$ages
[1] 25 26 18 39

[[3]]
  [,1] [,2]
[1,] 1 6
[2,] 2 7
[3,] 3 8
[4,] 4 9
[5,] 5 10

[[4]]
[1] "one" "two" "three"

了解了基本命令和各種數(shù)據(jù)的創(chuàng)建,就可以運(yùn)用R做一些簡單的運(yùn)算,一個(gè)龐大的數(shù)據(jù)放在你面前,你真的會不知所措,但是通過R,你可以發(fā)現(xiàn)其中的奧秘。歡迎大家和我一同學(xué)習(xí)R語言。

  • 本文中的代碼來自于 R語言實(shí)戰(zhàn) R in Action。
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