1.軟件下載
GitHub下載鏈接：https://github.com/BioEasy/EasyCodeML
此外還需要預(yù)先安裝java，下載鏈接：https://www.java.com/en/download/
2.軟件運(yùn)行
下載軟件壓縮包在本地解壓后有如下文件，雙擊EasyCodeML.jar即可運(yùn)行主程序
2.1樹文件去數(shù)值
使用到的樹文件不能帶任何數(shù)值，EasyCode提供了插件可以去除樹文件中的數(shù)值，打開ToolsTree Cleaner,如下圖所示，上傳樹文件并選擇輸出目錄即可。
2.2序列轉(zhuǎn)換
EasyCode需要pml文件作為輸入，首先需要將fas文件轉(zhuǎn)換為pml文件(fas文件需要提前進(jìn)行比對(duì)且所有物種中都要存在該基因)，EasyCode提供了插件可以去除樹文件中的數(shù)值，打開ToolsSeqformat Convertor,如下圖所示，上傳fas文件即可，生成的結(jié)果文件會(huì)直接保存在fas文件所在目錄。
2.3軟件參數(shù)設(shè)置
當(dāng)運(yùn)行結(jié)束后，一定要先點(diǎn)擊Run LRTs按鈕，再點(diǎn)擊Export輸出結(jié)果
3.結(jié)果解讀
如果M1a vs. M2a、M7 vs. M8 和 M8a vs. M8 三對(duì)巢式模型的 p 值均小于0.05，說(shuō)明備選模型顯著優(yōu)于零假設(shè)模型，表明存在正選擇作用。
4.命令行運(yùn)行
此軟件也可通過命令行啟動(dòng)，其啟動(dòng)命令為:
java -Xmx1024M -Xms512M -jar EasyCodeML.jar
這里給定了最大內(nèi)存使用堆積量(-Xmx1024m)和最小內(nèi)存使用堆積量(-Xms512M),該命令也可用于啟動(dòng)linux系統(tǒng)中的EasyCodeML。根據(jù)經(jīng)驗(yàn)-Xmx設(shè)置為3072，-Xms設(shè)置為1024，線程數(shù)為4速度較快。
參考文獻(xiàn)
https://en-cdn.bio-protocol.org/pdf/bio-protocol1010651.pdf
