Linux
本文教程的主要內容源自于微信公眾號生信星球
1.Linux是什么
Linux是一個操作系統(tǒng)，與Mac及Windows類似，以開源、免費、穩(wěn)定、安全為特點。
（1）Linux應用場景
主要為supercomputer（服務器）
（2）權限控制
服務器支持很多用戶同時使用，相互獨立
（3）命令行模式
區(qū)別于windows的圖形界面，linux的操作靠命令行來實現(xiàn)
（4）目錄結構
目錄相當于windows的文件夾，linux系統(tǒng)沒有C/D/E/F盤，文件系統(tǒng)呈樹狀。用戶無法像登陸Windows系統(tǒng)“我的電腦”那樣登陸Linux系統(tǒng)的類似級別目錄，用戶所能達到的最高級目錄為“宿主目錄”，即用于登陸時所在的目錄，宿主目錄放在home目錄下。
2.為什么生信分析需要基于linux系統(tǒng)？
因為生物軟件基于linux，系統(tǒng)開源、免費，不需要圖形界面，有效節(jié)約資源。命令行模式可以批量、高效地處理文件，滿足數(shù)據(jù)分析的要求。當需要跑幾十、幾百G數(shù)據(jù)時，用windows，電腦無法承擔。
3.如何使用Linux系統(tǒng)
（1）單純linux系統(tǒng)
可使用閑置電腦，用U盤安裝純Linux系統(tǒng)，推薦使用CentOS或Ubuntu，全過程約20分鐘
（2）Windows10系統(tǒng)搭載的Linux
win10 內置了Linux子系統(tǒng)，且非“虛擬化”版本，可以原生運行在Windows10上，稱為windows subsystem for Linux。
a.開啟子系統(tǒng)
參照網(wǎng)絡教程，并下載ubuntu
b.更新
sudo apt update
sudo apt upgrade
sudo 代表管理員，apt相當于install（安裝）
（3）Windows7系統(tǒng)安裝Linux
如果電腦配置不是很好的話，不推薦安裝虛擬機和雙系統(tǒng)，會很耗內存；一般的電腦配置（i3、i5CPU + 4G內存）推薦使用git bash ，有32位和64位選擇。
（4）Mac上的Linux
不需要安裝任何東西，自帶terminal，直接使用；或者使用界面更好看的iterms
（5）本地服務器上的Linux
若實驗室現(xiàn)有配置還不錯的服務器，則可以非常方便地拷貝數(shù)據(jù)以及快速熟悉系統(tǒng)，登錄方法和云服務器一樣。
（6）云服務器上的Linux
實戰(zhàn)處理數(shù)據(jù)時，如果電腦配置不夠，則需要用到服務其。遠程登陸服務器需要下載免安裝軟件putty，需要ip地址和用戶名就可以登錄。
a.登陸方式
（a）Mac系統(tǒng)
Mac 直接在terminal頁面操作：
ssh 用戶名@ip地址，例如ssh bio03@120.110.xxx，具體以郵件為準。
（a）Windows系統(tǒng)
下載并安裝xshell軟件，具體的操作流程可參考http://m.itdecent.cn/p/8a340b103a41
軟件下載地址：
騰訊微云 密碼：gh8ca7
百度網(wǎng)盤 提取碼: cnrv
4.Linux高頻命令
（1）pwd
pwd: print working directory，即顯示當前路徑
（2）mkdir
mkdir: make directory-- 創(chuàng)建你的空目錄
#mkdir示例如下：
mkdir biosoft #存放生信軟件
mkdir project #存放生信項目
mkdir tmp #存放一些雜七雜八
mkdir src #存放源代碼
mkdir -p tmp/tmp1/tmp1.1 #若所要建立目錄的上層目錄目前尚未建立，則會一并建立上層目錄
（3）ls
ls 顯示列表，目錄和文件均可顯示
ls -1 輸出長格式列表
（4）rm
刪除的操作對象分為三類：普通文件、空目錄、有內容的目錄
刪除文件--rm
刪除空目錄--rmdir
刪除非空目錄--rm -r #多級目錄一并刪除
刪除非空目錄--rm -rf #強制刪除多級目錄，不給任何提示
★這些命令后面都要跟上要刪除的目錄名，如果rm -rf后面不加目錄名，后果十分可怕，服務器的所有東西均會被刪除?。?！
（5）cd
cd后接目錄名，表示進入該目錄
cd -返回剛才的目錄
cd ~進入主目錄
mkdir rm_test
cd rm_test
touch doodle.txt #touch是正經的新建命令，但是不如vi好使，vi是直接新建并打開編輯。
mkdir huahua
cd huahua
touch haha.txt
cd ..
（6）vi
vi 新建腳本或者文本文檔（vi是linux中的文本編輯器）
cd tmp
vi hello_world.txt
#先保證電腦切換到了英文輸入法，然后敲i鍵，就可以輸入了
#寫下你的感悟～幾行簡短的英文
# 按Esc鍵 #退出編輯模式
:x #在左下角輸入，意思是保存并退出
（7）cat
cat接文本文件的名字，查看并直接將文本文件的內容輸出到屏幕。要退出cat，是摁一下q，否則無法運行后續(xù)命令。
head 默認輸出前10行，tail默認輸出后10行，后面加上-n 自定義輸出幾行
例如：head -n 3 hello_world.txt 【注意-n與head之間有空格，-n和3之間空格可有可無】
（8）cp
cp為復制文件，cp file1 file2
（9）mv
mv 將文件移入文件夾，或者重命名
使用：mv file 路徑 為移動file到某路徑下
使用：mv file1 file2 為將file1重命名為file2
（10）linux自動補全
自行檢索
（11）查看Linux系統(tǒng)版本、內存與硬盤空間
lsb_release -a #查看系統(tǒng)版本
df -lm #查看硬盤空間情況
free -m #查看內存
5.深入學習Linux
- 推薦馬哥Linux視頻課程，課程比較長，建議1.25倍速，可在B站獲取全套視頻。
- Linux命令大全
