前言

最近碰到一個需求，比較兩個fasta文件的所有序列是否一樣，但是其名字無所謂是否相同，于是想了一個比較簡單的辦法，shell下面直接可以完成。比如有A.fasta和B.fasta兩個文件：

思路

1.首先把兩個文件進行排序，用sort。
2.然后用grep把fasta的header去掉。
3.最后比較兩個處理過的文件的md5。

代碼

cat A.fasta | sort | grep -v ">" > 1.tmp
cat B.fasta | sort | grep -v ">" > 2.tmp
md5sum 1.tmp 2.tmp