1 webshot
在 生信星球 公眾號(hào)看到的推文 聽說你的桑基圖也無法保存？ 主要功能是可以把html文件保存為 png 或者 pdf 格式
2 pez
系統(tǒng)全面的系統(tǒng)發(fā)育R包
3 ggprism
在 YuLabSMU 公眾號(hào)看到的推文 用ggplot2出GraphPad prism的圖，坐標(biāo)軸好多可選
4 r3dmol
在 YuLabSMU 公眾號(hào)看到的推文 在R中對(duì)分子結(jié)構(gòu)進(jìn)行3D可視化
5 epiR
該包集合了流行病學(xué)中諸多描述性分析的函數(shù)。其中epi.tests函數(shù)專門用于計(jì)算診斷試驗(yàn)的靈敏度、特異度及預(yù)測(cè)值等指標(biāo)。詳細(xì)介紹可以看鏈接 https://rpubs.com/maomaoworm/690424
6 GGally的ggpairs()函數(shù)
展示多變量?jī)蓛芍g相關(guān)系數(shù)，參考鏈接 https://rpubs.com/nabiilahardini/wheatseed
7 ggeconodist
可以話另類的箱線圖
安裝
install.packages("ggeconodist",repos = "https://cinc.rud.is")
library(ggeconodist)
ggplot(df,aes(x=Type,y=value))+
geom_econodist()+
theme_bw()
8 ggThemeAssist
通過鼠標(biāo)點(diǎn)點(diǎn)點(diǎn)的方式更改ggplot2作圖的一些細(xì)節(jié) 主頁 https://github.com/calligross/ggthemeassist，我個(gè)人還是還是不太喜歡這種形式
9 samr
小白魚的生統(tǒng)筆記推文 R包samr，一種鑒定差異表達(dá)基因的非參數(shù)方法
10 TCseq
分析基因表達(dá)的時(shí)間趨勢(shì) 公眾號(hào) 小白魚的生統(tǒng)筆記 推文
11 Mfuzz
分析基因表達(dá)的時(shí)間趨勢(shì) 公眾號(hào) 小白魚的生統(tǒng)筆記 推文
12 prettydoc
漂亮的rmarkdown風(fēng)格，公眾號(hào) 育種數(shù)據(jù)分析之放飛自我 推文 炫酷rmarkdown不同風(fēng)格
13 DataEditR
類似于excel的功能，對(duì)R語言已經(jīng)讀入的數(shù)據(jù)進(jìn)行修改 知乎文章 真香！Rstudio也能像Excel一樣進(jìn)行數(shù)據(jù)整理啦
14 pak
公眾號(hào) YuLabSMU 推文 裝R包總莫名其妙報(bào)錯(cuò)，你應(yīng)該試試pak
15 ggiraphExtra
有一個(gè)很方便繪制餅圖的函數(shù)
16 genbankr
R語言里讀取解析genbank格式文件，葉綠體基因組畫圈圖的那個(gè)工具Chloroplot用到了這個(gè)包
17 customLayout
R語言里用來拼圖的包，功能很強(qiáng)大 可以參考公眾號(hào) 推文 一個(gè)敲有趣的R語言拼圖工具，一下是拼圖的一些結(jié)果
18 vhs
R語言里配色的包 簡(jiǎn)書 益民長老廠長 的推文 R中的藝術(shù)調(diào)色板之VHS http://m.itdecent.cn/p/ea6de13887ee ； 基于空白VHS盒式磁帶包裝設(shè)計(jì)的調(diào)色板（這句話是啥意思？）
19 tastypie
繪制漂亮的餅圖的R版 公眾號(hào) R語言統(tǒng)計(jì)與繪圖 推文 tastypie包，繪制漂亮的餅圖R包
20 lemon
可以很方便的操作ggplot2的圖例和坐標(biāo)軸
參考 https://cran.r-project.org/web/packages/lemon/vignettes/legends.html#complex-layout-with-grid_arrange_shared_legend
21 dtplyr
在一個(gè)討論群里看到有人推薦，dplyr的語法，data.table的速度
22 ezcox
公眾號(hào) 優(yōu)雅R 看到的推文 還在手動(dòng)繪制生存分析森林圖？不妨試試ezcox
很方便的做Cox回歸分析模型和森林圖
23 ggstream
公眾號(hào) DataCharm 看到的推文 河流圖繪制技巧分享 之前有人在公眾號(hào)留言問過魚型圖，但是自己也不知道，不過好像就是這個(gè)
24 ggnewscale
github主頁 https://github.com/eliocamp/ggnewscale
比如兩組數(shù)據(jù)同時(shí)畫到一張圖上，每組數(shù)據(jù)都分別映射顏色，這個(gè)時(shí)候如果要用scale_color_manual()更改顏色的話是不能按照不同的數(shù)據(jù)集來修改的，這個(gè)時(shí)候可以用這個(gè)包中的函數(shù)
如下代碼
library(ggnewscale)
library(ggplot2)
df1<-data.frame(A=1:4,
B=LETTERS[1:4])
df2<-data.frame(A=4:1,
B=LETTERS[5:8])
ggplot()+
geom_col(data=df1,aes(x=B,y=A,fill=B))+
scale_fill_manual(values = c("red","red","red","red"))+
new_scale_fill()+
geom_col(data=df2,aes(x=B,y=A,fill=B))+
scale_fill_manual(values = rep("blue",4))
結(jié)果
可以試試把代碼new_scale_fill()去掉
25 ggh4x
公眾號(hào) R語言數(shù)據(jù)分析指南 看到推文 通過ggh4x調(diào)整圖形刻度
如果只用gplot2的函數(shù)把坐標(biāo)調(diào)整成這種效果，還是不太容易的
26 visdat
可視化展示數(shù)據(jù)框中的變量類型和缺失值
代碼
install.packages("visdat")
library(visdat)
library(ggplot2)
msleep
vis_dat(msleep)+
scale_fill_manual(values = c("#1f78b4", "#33a02c", "#e31a1c"))
27 gghalves
云雨圖
28 ggsignif
添加顯著性星號(hào)
29 job
生信星球公眾號(hào) 看到的推文 簡(jiǎn)單一個(gè)R包，解放你的Rstudio console 主要作用，如果命令運(yùn)行時(shí)間過長，是不能運(yùn)行下一步命令的，這個(gè)包里可以將時(shí)間比較長的命令放到后臺(tái)
30 paletteer
功能強(qiáng)大的配色R包 公眾號(hào) R語言統(tǒng)計(jì)與繪圖 最強(qiáng)配色R包，1個(gè)包，2100來個(gè)調(diào)色板
31 report
莊閃閃的R語言手冊(cè) report包，祝你自動(dòng)統(tǒng)計(jì)報(bào)告
歡迎大家關(guān)注我的公眾號(hào)
小明的數(shù)據(jù)分析筆記本
小明的數(shù)據(jù)分析筆記本 公眾號(hào) 主要分享：1、R語言和python做數(shù)據(jù)分析和數(shù)據(jù)可視化的簡(jiǎn)單小例子；2、園藝植物相關(guān)轉(zhuǎn)錄組學(xué)、基因組學(xué)、群體遺傳學(xué)文獻(xiàn)閱讀筆記；3、生物信息學(xué)入門學(xué)習(xí)資料及自己的學(xué)習(xí)筆記！
