在基因家族分析中，關(guān)于功能域可視化是一個(gè)相對(duì)比較簡(jiǎn)單的流程式方法。能夠較好地了解不同物種間同一個(gè)家族結(jié)構(gòu)域的保守和差異情況。單純進(jìn)行可視化的方法可以使用 TBtools，這個(gè)操作易上手，使用非常方便。
這里感謝作者的付出！TBtools 最新版本下載地址，在此也可以參考軟件的詳細(xì)使用方法。
- 我們先根據(jù) gene id 提取 fasta 序列
圖 1 - 根據(jù) id 提取 gene fasta 序列
輸入 gene id 和參考基因集即可提取。
- 下載最新版 TBtools，安裝插件
Plugin_Batch SMART
圖 2 - 安裝插件 Batch SMART
- 可視化你的功能域結(jié)果
輸入你要可視化的 fasta 序列和輸出文件，可以參考圖 2。輸出結(jié)果包含兩個(gè)文件：原有輸出文件 smart_result.txt 和 smart_result.txt.info 文件。第一個(gè)文件信息比較簡(jiǎn)略，第二個(gè)包含多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)結(jié)果和 E-value 等信息。結(jié)果完成后，會(huì)自動(dòng)出圖。結(jié)果如下：
圖 3 - 自動(dòng)出圖
如果想要重新生成結(jié)構(gòu)域位置圖，可以參考如下方法：
圖 4 - 功能域可視化
將簡(jiǎn)版輸出文件拖入，結(jié)果如下：
圖 5 - 自定義作圖
- 可以使用 Evolview 對(duì)進(jìn)化樹修飾美化（類似的網(wǎng)站有：
iTOLs）
使用 Evolview 對(duì)進(jìn)化樹添加蛋白結(jié)構(gòu)域位置，格式如下：
# 基因ID\t基因長(zhǎng)度\t第一個(gè)結(jié)構(gòu)域起始,結(jié)束,結(jié)構(gòu)域名稱\t第二個(gè)結(jié)構(gòu)域
id1 171 42,162,AAA
id2 738 46,168,BBB 343,462,CCC
這個(gè)在線網(wǎng)站由中科院開發(fā)，入手相對(duì)簡(jiǎn)單，功能也很豐富，最重要的是文檔簡(jiǎn)單明了。Github 上不去的話，文檔介紹可以看這里 · Evolview2 。我這里，摘取一張來自網(wǎng)站上的示例進(jìn)化樹圖：
圖 6 - 來自 Evolview
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PS：歡迎關(guān)注我的同名公眾號(hào)【biogeeker】
