今天將為大家介紹小麥的特有的生物學(xué)網(wǎng)站，該數(shù)據(jù)庫是由國際小麥基因組測序聯(lián)盟(International Wheat Genome Sequencing Consortium, IWGSC)維護(hù)，是小麥非常重要的測序數(shù)據(jù)庫。

IWGSC 2018年8月17日在Science雜志上公布了六倍體小麥的最新參考基因組[1]。包含14.5Gb參考基因組大小，涵蓋107,891個高可信度的基因，此外還有161,537個低可信度的基因。原始測序數(shù)據(jù)存于NCBI的SRA數(shù)據(jù)庫，登錄號為SRP114784。

網(wǎng)址鏈接：Home - IWGSC

該網(wǎng)址的主要功能菜單，我們常用的是紅色圓圈標(biāo)注的tools和resources選項

一、六倍體小麥的參考基因組獲取

選擇tools>sequences>v1.0進(jìn)行下載

進(jìn)入該頁面后，可以看到有主要以下四個功能菜單。

download, blast, browser, intermine

download 界面的參考基因組下載界面

可以看到有全部（all）染色體的基因序列，也有分染色體的基因序列。逐條下載即可

$ wget? https://urgi.versailles.inra.fr/download/iwgsc/IWGSC_RefSeq_Assemblies/v1.0/iwgsc_refseqv1.0_all_chromosomes.zip

二、blast選項

對于研究一個基因序列，最常見和首要的工作相比就是blast了，iwgsc同樣也提供了該選項，在線網(wǎng)址操作，非常簡單。

輸入的序列為fasta序列，進(jìn)行比對即可。還可以分染色體進(jìn)行比對，這個非常實用！

三、基因組在線瀏覽器功能

根據(jù)選擇染色體可以瀏覽正義鏈和反義鏈的基因序列，包括翻譯后的蛋白質(zhì)，這個功能非常實用，

可以截取指定區(qū)間的序列。例如，若要下載1D的1000-100000序列，在以下紅方框中選擇1D染色體，輸入這個序列，點擊Go，便可跳至目標(biāo)區(qū)段，如下圖。

四、intermine功能

主要包括search和analyse功能

在這里，輸入基因ID就可以得到該基因的fasta序列和長度以及物理位置。

還可以批量注釋，在analyse選項，輸入多個基因，就可以得到多個基因的注釋，這個是一個非常高效的工具

點擊藍(lán)色字體，就可以詳細(xì)查看每個基因的注釋

五、總結(jié)

IWGSC網(wǎng)址功能還有很多，本文只是簡單介紹了一些常用的工具。希望各位小伙伴多研究這個網(wǎng)址，必定大有收獲。

參考文獻(xiàn)：

IWGSC. Shifting the limits in wheat research and breeding using a fully annotated reference genome. Science, 2018, 361(6403): eaar7191.