R包-VennDiagram韋恩圖

給定集合,判定集合間的交集并可視化,是比較不同數(shù)據(jù)集的一種方法。R語言中有幾個包能夠較好的完成這份工作。如VennDiagram、Venn、UpSetR包等,也有一些在線畫韋恩圖網(wǎng)站。

venn.diagram or venn

getwd()

library(xlsx)
library(VennDiagram)
library(venn)
library(UpSetR)

fs = list.files(".",pattern = "^p",ignore.case = T)
options(stringsAsFactors = F)
F = list()
for(i in fs){
  F[i] = read.xlsx(i,1)
}

venn(list(a= F[[1]],b= F[[2]],c=F[[3]],d=F[[4]]),zcolor='style')
#overlap = calculate.overlap(list(a=F[[1]],b=F[[2]],c=F[[3]],d=F[[4]]))
venn.diagram(list(a= F[[1]],b= F[[2]],c=F[[3]],d=F[[4]]),filename = "overlap.tiff",
             col = "transparent",
             fill = c("cornflowerblue", "green", "yellow", "darkorchid1"))

【注意:運行venn.diagram之后,會在當前目錄下直接生成以文件名命名的圖,因此注意文件名正確,同時在控制臺輸出1,不要懷疑命令出錯。】

upste 含義

繪制韋恩圖(Venn plot)和花瓣圖(Flower plot)的幾個常用R包及在線網(wǎng)站

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