解決方法

• 更改clusterProfiler包的源碼并重新編譯

1. 下載源碼： Bioconductor - clusterProfiler

   image.png

2. 解壓后進入 \clusterProfiler\R，找到文件kegg-utilities.R

3. 將131行和137行的http都改為https

   image.png

4. 卸載原來的clusterProfiler包

5. 重新編譯新的clusterProfiler包：在RStudio中選擇File->New Project -> 選擇下載的源碼文件夾 ->
   image.png

6. 重新運行代碼，不再報錯

環(huán)境

• clusterProfiler版本：4.4.1
• R語言版本：4.2.0
• ClusterProfiler包的依賴均為最新版本

報錯代碼

kk.degene <- enrichKEGG(gene = c('12306','12307'),
                        organism = 'hsa',
                        #universe = gene_all,
                        pvalueCutoff = 0.05,
                        qvalueCutoff = 0.05)

報錯信息

"Failed to download KEGG data.",
"Wrong 'species' or the network is unreachable.",
"The 'species' should be one of organisms listed in",
"'https://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html'"

分析

因為是突然發(fā)生的問題，之前一直沒有遇到過這個問題，所以考慮到是clusterProfiler包或者R語言的版本問題，于是先采用了更新R語言版本以及clusterProfiler包的方法但是沒有能夠解決。
進而搜索資料，網(wǎng)上的解決方法“換個網(wǎng)絡”或者將“hsa改為human”都不work。通過查看API的更新信息以及源碼發(fā)現(xiàn)可能出現(xiàn)問題：

• KEGG的API發(fā)生變更，從HTTP to HTTPS

  
  
  image.png
• 源碼中download的地址還是使用http

盡管不熟悉網(wǎng)絡請求的原理，但是抱著試一試的態(tài)度將源碼中HTTP改為了HTTPS，發(fā)現(xiàn)能夠成功請求，十分喜悅，特此記錄。

“想到就去試一試”。 -2020602