????數(shù)據(jù)分析實(shí)在太難了，差異分析到底怎么跑啊，怎么才不出錯(cuò)呀！coldata到底怎么構(gòu)建呀……！別慌，傻瓜包來了！它就是simpleRNA，居然只要兩條命令就能跑完復(fù)雜的RNA差異分析，并生成結(jié)果矩陣和結(jié)果圖！
simpleRNA?——?簡(jiǎn)單易用的R包，不需要懂分析就能跑
????為了方便各位不熟悉數(shù)據(jù)分析的小白們能夠自己做好RNA差異分析，小編聯(lián)合另一位小伙伴Skye直接寫了一個(gè)傻瓜包——simpleRNA。10秒就能跑完
????你需要準(zhǔn)備的只有2個(gè)：
1> 你的表達(dá)矩陣
2>?一個(gè)分組矩陣
????運(yùn)行流程也非常簡(jiǎn)單，只要你電腦裝了R，在R中指定這兩個(gè)矩陣的路徑，然后直接復(fù)制2行代碼就可以直接跑出結(jié)果啦！
test <- runDiff(matdir = matdir,condi = condi)comp <- compareSmp(test$dds,group1 = "CV",group2 = "normal")
結(jié)果會(huì)直接輸出標(biāo)準(zhǔn)化過的矩陣、兩兩比較的結(jié)果、以及表達(dá)火山圖和熱圖。
數(shù)據(jù)來源于【GSE81455】
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE81455
是不是很心動(dòng)！
接下來，小編就教大家怎么用。
使用教程
【一、安裝】(高階玩家可以直接跳過)
1> 首先你的電腦要安裝R，然后安裝依賴包（已經(jīng)裝了這些的話請(qǐng)?zhí)^）：
??????依賴包：DESeq2, edgeR, pheatmap, ggplot2, ggrepel【強(qiáng)者跳過】
????? 沒裝過的直接復(fù)制以下代碼
install.packages("ggplot2")install.packages("ggrepel")install.packages("pheatmap")if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("DESeq2")BiocManager::install("edgeR")
2> 安裝simpleRNA，下載simpleRNA安裝包【獲取安裝包請(qǐng)拉到最底下】
??????在Rstudio中右下角點(diǎn)開packages選項(xiàng)卡，點(diǎn)擊install
install from 選擇第二個(gè)package Archieve file，在彈出的對(duì)話框中找到剛剛下載的package文件
點(diǎn)擊install即可--安裝完成。
【二、準(zhǔn)備輸入文件】
1> 表達(dá)矩陣
僅支持txt文件，如果你的表達(dá)矩陣是excel文件，請(qǐng)打開該文件，然后執(zhí)行 【CTRL+A】，【CTRL+C】, 然后新建一個(gè)txt文件，并【CTRL+V】，然后直接保存。?（其實(shí)就是全選然后復(fù)制粘貼過去）
【example】：
【第一列第一行必須是空】
【全選】——【復(fù)制】——【粘貼】后如下：
2> 分組矩陣
分組矩陣的建立步驟：
????a>?在EXCEL中建立分組矩陣
【注意分組矩陣的列名和表達(dá)矩陣的行名一致】
【第一列第一行必須是空，第二列第一行必須是condition】
????b>?復(fù)制粘貼到txt文件
【三、運(yùn)行】
#導(dǎo)入所有需要的包library(DESeq2)library(edgeR)library(ggplot2)library(ggrepel)library(pheatmap)library(simpleRNA)matdir?<-?"C:/R/wd/expression_Matrix.txt"??[路徑]請(qǐng)換成你自己的路徑condi?<-?"C:/R/wd/condition.txt"??[路徑]同樣需要更換成你自己的路徑test <- runDiff(matdir = matdir,condi = condi)comp?<-?compareSmp(test$dds,group1?=?"CV",group2?=?"normal")
????記得把路徑換成你自己的路徑哦。
????這樣就完成了，接下來會(huì)在你的工作路徑里面生成上調(diào)結(jié)果和下調(diào)結(jié)果，以及一個(gè)plot文件包含一個(gè)【火山圖】和一個(gè)【熱圖】，如果你不知道工作目錄在哪里，沒關(guān)系，運(yùn)行完會(huì)有提示的。
提示我已經(jīng)生成了結(jié)果，來看看吧。
自動(dòng)生成的火山圖：
以及熱圖：
數(shù)據(jù)來源于【GSE81455】經(jīng)過了修改，將第一行第一列改成了空
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE81455
還不錯(cuò)！省了很多事！
各位小伙伴如果有什么別的希望能做成傻瓜包的，歡迎給我留言哦~
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特別鳴謝：
simpleRNA共同作者Skye
隔壁桌師妹不厭其煩的調(diào)試
轉(zhuǎn)載自公眾號(hào)文章兩條命令就跑完RNA差異分析
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