【R語言學習】安裝org.Hs.eg.db包及更新R版本

使用install.packages("org.Hs.eg.db") 后 ,顯示:

Warning in install.packages :
  package ‘org.Hs.eg.db’ is not available (for R version 3.6.1)

解決方案:

1.安裝Bioconductor

>if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
>options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")  
>install.packages("BiocManager")
>library("BiocManager")

2.使用Bioconductor安裝org.Hs.eg.db:

>BiocManager::install("org.Hs.eg.db")
Error in readRDS(dest) : 讀取鏈結時發(fā)生了錯誤

3.更改鏡像,具體參考鏈接1

4.重啟大法好:多次更改鏡像后,未果。參考鏈接2,關閉并重啟RStudio,BiocManager::install("org.Hs.eg.db"),開始下載。

5.library(org.Hs.eg.db)之后,發(fā)現R版本可能需要更新一下,以及其中一個包版本不對,于是又升級了一下R,詳情參見知乎答案(備注:win和mac需要的包不一樣)。傳說Mac中只需要5步:

install.packages('devtools')
library(devtools)
install_github('andreacirilloac/updateR')
library(updateR)
updateR(admin_password = 'Admin user password')

但,在第三步install_github('andreacirilloac/updateR')的時候我卡了,顯示:錯誤: Failed to install 'unknown package' from GitHub: Failed to connect to api.github.com port 443: Connection refused。于是又是一通搜索。

解決方案:在終端中輸入 git config --global http.proxy http://127.0.0.1:1080(具體我也不是很懂,應該是重新配置了一下github的代理?參考這篇帖子,在Mac中也可以參考一下這篇,但我的調出來之后沒有發(fā)現git相關的關鍵詞)。

再次嘗試第3步install_github('andreacirilloac/updateR') ,嗯,最后終于顯示DONE (updateR)。繼續(xù)往下走,第5步的時候注意將代碼中的密碼替換為自己的密碼**,別學我了,復制粘貼運行之后發(fā)現還是在原來的版本??。在這一系列踩坑之后,一度忘記下一步要做什么了...哦對,繼續(xù)library(org.Hs.eg.db)

6.library(org.Hs.eg.db) 然后就成功了?。?!?org.Hs.eg查看幫助文檔,繼續(xù)跟著教程往下~

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