剛剛嘗試用conda管理自己用的一些生信軟件，這里記錄常用的一些命令

linux系統(tǒng)上下載并安裝conda：

wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh

bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh

后續(xù)具體步驟參照? ——-生信技能樹conda管理生信軟件一文就夠

查看是否成功安裝

source ~/.bashrc

未出現(xiàn)任何提示，說明安裝成功，進行下一步調(diào)用conda命令

conda --help

若出現(xiàn)“conda command not found”這樣的語句，則可以通過編輯~/.bashrc文件

vim?~/.bashrc

在~/.bashrc文件結(jié)尾加上

export PATH=~/具體conda安裝路徑/bin:$PATH

退出后，再次執(zhí)行

source ~/.bashrc

conda --help

配置conda鏡像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda

conda config --set show_channel_urls yes

source ~/.condarc

通過source ~/.condarc查看現(xiàn)有環(huán)境配置鏡像，vim命令可以編輯 ~/.condarc刪除失敗的鏡像。

創(chuàng)建小環(huán)境

conda create -n +創(chuàng)建環(huán)境名稱

查看小環(huán)境

conda info -e

進入小環(huán)境

source activate? +環(huán)境名稱

查看小環(huán)境已安裝的軟件

conda list

安裝相應版本的軟件

conda install PACKAGENAME==VERSION

查找相應的軟件包

conda search PACKAGENAME

退出小環(huán)境

conda deactivate

移除小環(huán)境

conda env remove --name bio-env