gfold問題處理記錄

這次在新的服務(wù)器上安裝gfold的時候,偶然發(fā)現(xiàn)GFOLD的官網(wǎng)已經(jīng)404了,于是索性就conda一套進行安裝
conda install -c bioconda gfold
但是在調(diào)試gfold的時候,發(fā)現(xiàn)直接調(diào)用會報錯:
gfold: error while loading shared libraries: libgsl.so.0: cannot open shared object file: No such file or director

嘗試解決:

直接在本目錄下find該缺失文件是否存在:
find ~/ -name libgsl.so.0,發(fā)現(xiàn)沒有該文件存在(當(dāng)然沒有該文件存在啦,不然怎么會報錯呢)

搜索結(jié)果

事實上這個文件是GNU Scientific Library里面的一部分,于是我也想當(dāng)然的安裝了gsl,但是報錯依舊存在。

有人提出,是否是路徑的問題并提出了解決的辦法:

$LD_LIBRARY_PATH= path to your gsl lib folder inside the gsl installation folder
$export LD_LIBRARY_PATH

但是我嘗試以后也并沒有解決,直到我突然反映過來這是不是就是常見的李逵李鬼問題,于是我就:

find ~/ -name libgsl*

/home/wanglab/biosoft/anaconda3/pkgs/gsl-2.4-h14c3975_4/lib/libgsl.la
/home/wanglab/biosoft/anaconda3/pkgs/gsl-2.4-h14c3975_4/lib/libgslcblas.la
/home/wanglab/biosoft/anaconda3/pkgs/gsl-2.4-h14c3975_4/lib/libgsl.so
/home/wanglab/biosoft/anaconda3/pkgs/gsl-2.4-h14c3975_4/lib/libgslcblas.so
/home/wanglab/biosoft/anaconda3/pkgs/gsl-2.4-h14c3975_4/lib/libgslcblas.so.0
/home/wanglab/biosoft/anaconda3/pkgs/gsl-2.4-h14c3975_4/lib/libgslcblas.so.0.0.0
/home/wanglab/biosoft/anaconda3/pkgs/gsl-2.4-h14c3975_4/lib/libgsl.so.23.0.0
/home/wanglab/biosoft/anaconda3/pkgs/gsl-2.4-h14c3975_4/lib/libgsl.so.23
/home/wanglab/biosoft/anaconda3/pkgs/gsl-2.4-h14c3975_4/lib/libgslcblas.a
/home/wanglab/biosoft/anaconda3/pkgs/gsl-2.4-h14c3975_4/lib/libgsl.a
/home/wanglab/biosoft/anaconda3/pkgs/gsl-2.4-h294904e_1006/lib/libgslcblas.so
/home/wanglab/biosoft/anaconda3/pkgs/gsl-2.4-h294904e_1006/lib/libgsl.so
/home/wanglab/biosoft/anaconda3/pkgs/gsl-2.4-h294904e_1006/lib/libgsl.so.23
/home/wanglab/biosoft/anaconda3/pkgs/gsl-2.4-h294904e_1006/lib/libgslcblas.so.0
/home/wanglab/biosoft/anaconda3/pkgs/gsl-2.4-h294904e_1006/lib/libgsl.so.23.0.0
/home/wanglab/biosoft/anaconda3/pkgs/gsl-2.4-h294904e_1006/lib/libgsl.a
/home/wanglab/biosoft/anaconda3/lib/libgsl.a
/home/wanglab/biosoft/anaconda3/lib/libgsl.so
/home/wanglab/biosoft/anaconda3/lib/libgsl.so.23
/home/wanglab/biosoft/anaconda3/lib/libgsl.so.23.0.0
/home/wanglab/biosoft/anaconda3/lib/libgslcblas.so
/home/wanglab/biosoft/anaconda3/lib/libgslcblas.so.0

問題解決

事實上gsl是沒有l(wèi)ibgsl.so.0的,但是又libgsl.so,原來就是libgsl.so和libgsl.so.0的親戚關(guān)系,于是一個硬鏈接解決問題:ln /home/wanglab/biosoft/anaconda3/lib/libgsl home/wanglab/biosoft/anaconda3/lib/libgsl.so.0

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