本筆記來(lái)源于B站Up主: 有Li 的影像組學(xué)系列教學(xué)視頻
本節(jié)(34)主要介紹: 使用3D Slicer軟件提取影像組學(xué)特征
Pyradiomics官網(wǎng)里有介紹，pyradiomics也可以通過(guò)軟件3D Slicer的擴(kuò)展軟件包進(jìn)行影像組學(xué)特征提取。
3D Slicer is a free open source research platform for medical image computing. Learn more and download 3D Slicer binary for your platform here: http://slicer.org.
Once installed, you can use 3D Slicer ExtensionManager to install Radiomics extension, which provides a graphical user interface to the pyradiomics library. The advantage of using pyradiomics from 3D Slicer is that you can view images and segmentations, you can import existing segmentations and confirm their quality, or you can use the variety of tools in 3D Slicer to automate your segmentation tasks.
More detailed instructions about installing 3D Slicer Radiomics extension are available here: https://github.com/Radiomics/SlicerRadiomics
視頻里李博士簡(jiǎn)要地演示了使用這個(gè)軟件提取影像組學(xué)特征的過(guò)程，重要的幾個(gè)步驟為：
- 打開3D Slicer應(yīng)用商店
Extensions Manager
- 在搜索框里輸入
slicerradiomics, 點(diǎn)擊 按鈕install(我已經(jīng)安裝好了，所以這里顯示 uninstall)。在正式使用前，軟件需要重啟一下
- 點(diǎn)擊軟件左上角導(dǎo)入文件圖標(biāo)
DATA，選擇目標(biāo)文件。在導(dǎo)入文件時(shí)，mask文件一定要有清晰的標(biāo)記
- 調(diào)用
pyradiomics模塊 (途徑和李博士演示的稍有不同)
- 設(shè)置各種參數(shù)，提取影像組學(xué)特征
- 找到目標(biāo)文件，選擇合適的格式，點(diǎn)擊保存(注意文件的保存位置)
打開保存的excel表，進(jìn)行行列轉(zhuǎn)置(通常列為各個(gè)feature，行為每一個(gè)樣本，但軟件導(dǎo)出的表格為豎排的，需要手動(dòng)轉(zhuǎn)置)
開始愉快的影像組學(xué)研究
Critical Thinking：
使用3D Slicer軟件界面化操作進(jìn)行影像組學(xué)特征提取具有方便、直觀、簡(jiǎn)單明了的便利，對(duì)于編程基礎(chǔ)薄弱的初學(xué)者倒不失為一種方法。但是它的弊端在于無(wú)法進(jìn)行批量化處理，這在樣本量較大時(shí)很考驗(yàn)人的耐心。此外，導(dǎo)出的Table 是按列排列的，需要進(jìn)一步手動(dòng)進(jìn)行行列轉(zhuǎn)置，這無(wú)形中增加了研究者的勞動(dòng)量。
