pi分析

單個(gè)群體的基因組選擇信號(hào)分析(pi分析)

  • Pi值
  • Tajima D;

Pi主要用來衡量每個(gè)site的nucleotide divergency.（π）

vcftools --vcf test.vcf  --window-pi 3000  --out Tenera

test.vcf為輸入文件andTenera

Tajimi's D是一種統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)。

它主要用來區(qū)分一個(gè)DNA sequence是random還是non-randon進(jìn)化的，是不是directional selection。T=0說明沒有進(jìn)行選擇，T>0說明sudden population contraction，而<0則說明population expansion after a recent bottleneck。

vcftools --vcf test.vcf  --TajimaD 3000  --out Tenera

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