??距離上次畫circos圖，已經(jīng)4個(gè)月了，至今仍然記得當(dāng)時(shí)在Linux下裝Perl模塊時(shí)的慘烈。最后果斷選擇用Windows版的，至于如何在Windows下配置circos運(yùn)行環(huán)境，有時(shí)間再寫一篇吧。
菜鳥的吐槽：Linux系統(tǒng)下不是root用戶就是麻煩，不過后來聽說了一種無痛安裝Perl模塊的方法，就是非root用戶自己下載安裝一個(gè)perl，添加到環(huán)境變量中，CPAN什么的都依賴這個(gè)自己專屬的perl。我還沒試過。
??circos圖其實(shí)本質(zhì)跟其他描述基因組特征的軟件包差不多，只需要知道一個(gè)區(qū)間/位置加上該區(qū)間/位置對(duì)應(yīng)的屬性就可以了，展現(xiàn)方式有多種多樣，比如：線圖、柱形圖、熱圖、弦圖等等。之前看到一些評(píng)論說circos圖“裝13大于實(shí)用”，我不太贊成這種說法，因?yàn)楹芏鄷r(shí)候circos圖確實(shí)可以很好地展現(xiàn)值的大小和交互關(guān)系。
??最開始接觸這種圖的時(shí)候也覺得挺復(fù)雜的，后來理解了其配置文件之后，發(fā)現(xiàn)也沒那么難。
1. 需要準(zhǔn)備哪些數(shù)據(jù)
1.1 karyotype.txt
這個(gè)文件用來描述染色體，一般放在circos圖的外圈
chr - NC_027757.2 A1 0 35822559 chr1
chr - NC_027758.2 A2 0 35332830 chr2
chr - NC_027759.2 A3 0 49139117 chr3
chr - NC_027760.2 A4 0 23556786 chr4
chr - NC_027761.2 A5 0 31473442 chr5
第1、2列一般不變，第3列是其它畫圖數(shù)據(jù)文件中的染色體名稱，第4列表示換個(gè)名字，5、6列染色體起止位置，7列描述顏色（目前我可以確定的是chr1-chr22各表示一種顏色）。
1.2 每一圈需要什么樣的數(shù)據(jù)
以snp密度的圈圖為例，我需要知道在特定大小的窗口內(nèi)，有多少個(gè)snp。就像這樣，
NC_027757.2 1 10000 51
NC_027757.2 10001 20000 90
NC_027757.2 20001 30000 48
NC_027757.2 30001 40000 2
NC_027757.2 40001 50000 21
再比如，gene密度的圈圖，需要知道gene的區(qū)間，再將區(qū)間highlight出來。因?yàn)閰^(qū)間不大，一個(gè)gene看上去就像一條細(xì)線
NC_027757.2 6637 9236
NC_027757.2 15630 16233
NC_027757.2 22106 23935
NC_027757.2 24221 25607
NC_027757.2 31070 40586
......
2. 基本的配置文件
先來看看軟件安裝成功后有哪些子文件夾，如下：
我的習(xí)慣是把所有配置寫到一個(gè)文件中去。
#以下幾列和<ideogram>部分是畫染色體的
karyotype = my_data/my_karyotype/karyotype.txt #karyotype.txt的路徑
chromosomes_order_by_karyotype = yes #是否按照karyotype.txt文件中的順序來畫染色體
chromosomes_units = 1000000 #將1000000堿基看作一個(gè)染色體單元
chromosomes_display_default = yes #是否展示全部染色體
#如果是no，則需要重新設(shè)置染色體，比如: chromosomes = 染色體1名稱;染色體2名稱
#設(shè)置染色體顏色chromosomes_color = 染色體1名稱=red;染色體2名稱=vvdred;染色體3名稱=vvlred
#其實(shí)只要將karyotype.txt最后一列定義為chr1-chrN即可；當(dāng)然上面這種方法是可以的，不過很麻煩，且一時(shí)也想不到那么多顏色
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<ideogram>
show = yes
radius=0.90r
thickness = 25p #染色體的寬度
fill = yes #是否填充
#設(shè)定ideograms輪廓，就是在染色體外邊框加線
#stroke_thickness = 1
#stroke_color = black
#染色體外圈的標(biāo)簽，比如chr1A、chr2A......
show_label = yes
label_font = default
label_radius=1r+90p
label_size=40
label_parallel = yes
#染色體之間的間隔
<spacing>
default = 0.005r
#<pairwise "/chr1A/ /chr2A/"> #在特定的兩條染色體之間加上自定義的距離
#spacing = 3r
#</pairwise>
</spacing>
</ideogram>
######################################################
#以下部分是畫染色體刻度的
show_ticks = yes
show_tick_labels = yes
<ticks>
tick_label_font = light
radius=1r
color = black
thickness = 2p
multiplier = 1e-6 #物理位置乘以這個(gè)數(shù)來表示刻度位置，比如物理位置是10000000位堿基，則在刻度上為10
format=%d #刻度位置顯示為十進(jìn)制整數(shù)
#設(shè)置標(biāo)尺上的大刻度
<tick>
spacing = 10u #10個(gè)染色體單元，即10000000堿基長(zhǎng)度
size = 12p
show_label=yes
#設(shè)置ticks'label離ticks的距離
label_offset = 10p
#設(shè)置ticks'label的字體大小
label_size = 20p
</tick>
#設(shè)置標(biāo)尺上的小刻度
<tick>
spacing = 1u
size = 6p
</tick>
</ticks>
######################################################
#下面就是plot部分了，比如我要畫一個(gè)snp密度圖，和gene密度圖
<plots>
<plot>
type = line
thickness = 2
max_gap = 1u
file = my_data/wes_snpden.cir.txt
color = vvlpblue
min = 0
max = 1000 #設(shè)置y軸的范圍，超過的部分顯示不了
r0 = 0.75r
r1 = 0.85r
</plot>
<plot>
type = highlight
file = my_data/gene.cir.txt
r1 = 0.95r
r0 = 0.9r
stroke_color = green
stroke_thickness = 0.05
fill_color = green
</plot>
</plots>
######################################################
#以下部分可以不用更改
<image>
<<include etc/image.conf>>
</image>
<<include etc/colors_fonts_patterns.conf>>
<<include etc/housekeeping.conf>>
3. cmd命令行下運(yùn)行
當(dāng)然先要cd到指定目錄下，再運(yùn)行程序，比如：
E:\E盤備份\circos\circos-0.69-6\circos-0.69-6\my_circos>..\bin\circos -conf ..\my_conf\circos_test.conf -outputfile test
# E:\E盤備份\circos\circos-0.69-6\circos-0.69-6\my_circos——是我的當(dāng)前目錄
# ..\bin\circos——用相對(duì)路徑調(diào)用circos程序
# -conf ..\my_conf\circos_test.conf——添加配置文件
# -outputfile test——在當(dāng)前目錄下生成名為test的結(jié)果文件
之后在當(dāng)前目錄下就能看到兩個(gè)結(jié)果文件了
4. 結(jié)果展示
祝各位畫圖愉快！
