想要復(fù)現(xiàn)一篇WGCNA文章中的原圖，數(shù)據(jù)集時GSE85589，前面在下載數(shù)據(jù)時折騰了好久，原因是呢，我下載的矩陣的miRNA探針就只有2000來個，以為不對勁，于是想要去下載CEL文件，但是又碰到了一系列問題。下面是折騰的過程。其中讓我淚崩的就是兩個主要解決不了的報錯，一個是
mirna40CDF，一個是read.celfiles這兩個報錯，其實到最后也沒解決掉，好在后來老大jimmy告訴我miRNA探針就有2000來個是正常的，我才能得以繼續(xù)，不然要折騰到猴年馬月呀！哈哈
下載后的截圖如下。
值得注意的是，下載后的dat非常小，dim后只有2000多個探針
于是我想要去去下載CEL文件，下載的代碼如下
setwd('./')
library(affy)
dir_cels='GSE85589_RAW'
data <- ReadAffy(celfile.path=dir_cels)
eset <- rma(data)
calls <- mas5calls(data) # get PMA calls
calls <- exprs(calls)
absent <- rowSums(calls == 'A') # how may samples are each gene 'absent' in all samples
absent <- which (absent == ncol(calls)) # which genes are 'absent' in all samples
rmaFiltered <- eset[-absent,] #
不過出現(xiàn)了報錯，就是這個mirna40CDF的問題，當(dāng)時覺得問題不大
既然有報錯提示信息，谷歌說用read.celfiles
上面選n沒有成功，那么我下次選a。
問我do you 。。。，選yes
然而還是有報錯
安了Biocmanager，第一遍選擇了‘a(chǎn)’，但是加載不出，安裝第二遍，選擇了‘n’，依然是不行
換個思路，還是走老大的那個
搜索這個AffyBatch,貌似和下面這個CDF的報錯是有關(guān)聯(lián)的,這個batch是批次的意思，那么很有可能和表達量有關(guān)，那么再思考一下
這個數(shù)據(jù)集的sample有下圖
后面的PC1才是我們想要的PDAC數(shù)據(jù)，文章中說總共有88個PDAC數(shù)據(jù)，我把PDAC數(shù)據(jù)集中間的省略，直接截圖后面的，下面這圖就是說還有ICC1啊和SC1的數(shù)據(jù)
<img src="https://tva1.sinaimg.cn/large/006y8mN6gy1g95vmqztj0j30i80widms.jpg" alt="image-20191112081705273" style="zoom:33%;" />
還有normal信息，和文章中的數(shù)量是能個對上的
<img src="https://tva1.sinaimg.cn/large/006y8mN6gy1g95vms47npj30g80ocwie.jpg" alt="image-20191112082741576" style="zoom:50%;" />
但是依然報錯如下，好吧，肯定不是cel文件數(shù)量或批次的問題
<img src="https://tva1.sinaimg.cn/large/006y8mN6gy1g95vmvcpdnj313c0a0jw0.jpg" alt="image-20191112082834811" style="zoom:50%;" />
其實前面谷歌過這個miRNA-4_0的問題,如下，但是并沒有人有后面的回答了
<img src="https://tva1.sinaimg.cn/large/006y8mN6gy1g95vmx7kdpj31d40oan4p.jpg" alt="image-20191112083022667" style="zoom:50%;" />
所以解決rma的關(guān)于AffyBatch的問題，谷歌同樣有人問
解答如下，意思是說
getwd()
[1] "/Users/mengmeng/Desktop/再做-WGCNA/GSE85589_RAW"
mydata_GSE85589<-ReadAffy()
rma.data <- affy::rma(mydata_GSE85589)
報錯信息如下，又回到了前面CDF和miRNA-4_0的問題，說這個包沒安，雖然上面我截了一張圖那個外國人說下載這個miRNA-4_0都不行，但是??給我的報錯信息就是沒有安裝mirna40cdf這個包
提示讓選擇的時候我選擇‘a(chǎn)’，問yes還是no的時候也選擇‘yes’，但是就是不給面子
關(guān)于搜索過程
- 第一種 是說被賽默飛收購了 所有不提供支持服務(wù)https://www.biostars.org/p/367835/ 解釋說如下
The CDFs for these old Affymetrix arrays can be very difficult to find. A problem was that Affymetrix were purchased by ThermoFisher, and support for products was lost.
I have done a search and found these sources:
http://www.affymetrix.com/support/technical/byproduct.affx?product=cytoscan_kit (look at ChAS files, at the bottom)
但是通過上面的鏈接我沒獲得什么信息，有人回復(fù)亦如此：Thanks Kevin. I've downloaded the CDF file from the second link and I've move to the folder with the CELs but errors don't disappear... thanks anyway!
- 第二種
#還有人這種方法
library(oligo)
dat <- read.celfiles(list.celfiles())
eset <- rma(dat)
但是我的報錯如下
針對上么解決谷歌搜索說
rma.data <- affy::rma(gse28403preset)
#但是根本沒有這個gse28403preset，我進到這個cel的目錄下用affy::rma下載后，就又返回提示mirna40CDF的報錯了
- 第三種從官網(wǎng)獲得
CDF文件
下載后解壓放到和cel文件一起的文件夾里，工作目錄也是此文件夾，結(jié)果報同樣mirna40CDF的錯。不行
<img src="https://tva1.sinaimg.cn/large/006y8mN6gy1g95vnlzqlej30m406wdgy.jpg" alt="image-20191112104438390" style="zoom:50%;" />
<img src="https://tva1.sinaimg.cn/large/006y8mN6gy1g95vnjs9v2j30vs0be43f.jpg" alt="image-20191112104749712" style="zoom:50%;" />
- 第四種，下載makecdfenv包
- 同樣的在https://support.bioconductor.org/p/57041/也搜索到類似的回答
這個還沒試，這個回答里內(nèi)容很多。不過其實一開始下載的矩陣就是對的，那就不糾結(jié)了，前面的當(dāng)成是一個探索的過程吧，可以直接看下集，其實還有個中集，也是個記錄過程，沒耐心煩兒的直接看下集，哈哈哈。
