大概內(nèi)容：首先簡要介紹一下常用的一些框架及標準，其次參照PRISMA以及SPAR-4-SLR，從searching, screening, data management /analysis 三個維度介紹一些方便的工具。

參照：
Tools (ioe.ac.uk)
Software and Tools - Systematic Reviews - LibGuides at Lancaster University
Text mining for searching and screening the literature - Guides at McGill Library

0. Protocol/framework

這個在我的一篇公眾號文章中 如何寫文獻綜述: 概念 分類及規(guī)則 中提到了一些常用的，比如

• PRISMA ( Preferred Reporting Items for Systematic Reviews and Meta-Analyses), 提供了一系列的checklist及可供研究者自行創(chuàng)造流程圖： PRISMA Flow Diagram (shinyapps.io). 還有一些extension.

• PICO Framework. Population - Characteristics of the population or sample; Intervention - Treatment or exposure being studied; Comparison - Alternative treatment or exposure as control; Outcome - Results or endpoints measured.

• Cochrane Library. 提供了很詳細的handbook來操作SR，常用于healthcare.

• EPPI-Centre. Developed by the Evidence for Policy and Practice Information Centre

• SPAR-4-SLR. Structured Procedure for Aiding the Reproduction of Systematic Literature Reviews. Business, social 可考慮

• Campbell Collaberation.

• ADO. Antecedents, Decisions, and Outcomes framework. Paul and Benito (2018)

• ROSES pro forma and flow diagram. RepOrting standards for Systematic Evidence Syntheses, 常用于環(huán)境科學。ROSES Flow Chart (shinyapps.io)

</br>

1. Searching/Identification

關(guān)鍵在于 定義研究概念 -> 確定研究問題 -> 計劃搜索策略

對于領(lǐng)域尚在發(fā)展 或沒有什么已定的terminology, ontology, model, dictionaries 的情況下，最好是LLM (NLP) 進行 search keywords 的 探索性搜索 （當然，要基于較為完整的理論知識）。

• SR-Accelerator. 可識別 n-gram

• AntConc, 可n-gram, 聚類，常用場景是已識別出高頻詞后 為了增加搜索的precision (如用在SR-Accelerator之后）

• Termine. 比較old了，不大推薦使用

• LitSearchR, 綜合了RAKE keyword frequency/n-gram, grouping, network analysis 等的R package. 有提供shiny界面，但shiny會受限于上傳文件的默認大小 (5MB)。

• Yale MeSH Analyzer. 依舊適用于MeSH terms 也就是醫(yī)學主題詞, 受限于MeSH database.

• PubMed PubReMiner: a tool for PubMed query building and literature mining (amc.nl) 適用于pubmed的搜索，免費

• Ananse. 參考 An automated method for developing search strategies for systematic review using Natural Language Processing (NLP) - ScienceDirect，用了litsearchr 類似的techniques

</br>

2. Screening

這里的screening包含 semi-automation screening tool, 以及方便統(tǒng)一管理進行screening, inclusion & exclusion 的軟件。

• Abstrackr semi-automated, 注冊后免費使用

• Screenatron

• ASReview，半自動化screening process, 用的是主動學習，可下載portable

• SWIFT-Review. Uses statistical text mining and machine learning to rank order documents in the screening process

• revtools | An R package for screening in evidence synthesis projects

• DistillerAI Paid (free for librarians; contact them directly)

• Covidence. free for Cochrane authors and fee-based for others

• Rayyan. completely free tool，相對covidence來講，沒有prescribed workflow，

• EPPI-Reviewer. knowledge synthesis. Paid (free for Cochrane collaborators).

</br>

3. Data management/analysis

包括文獻管理、后續(xù)分析、報告、描述、可視化等等。

文獻管理自然是諸如 endnote, mendely, zotero 之類的，可以實現(xiàn)remove duplicates, unify, bulk export 等等

分析自是可以根據(jù)自己需求，做SR SLR, 文獻分析，文本分析等等，描述報告方式根據(jù)方法不同略有差異

可視化可使用之前介紹過的一些知識圖譜/網(wǎng)絡(luò)的方法，可用工具或者python, R 等實現(xiàn)，這里不贅述。

• Atlas.ti

• PredicTER

• EPPI Reviewer