CCLE查詢基因在細胞系中表達

最近實在太忙了,好久沒有更新我們的簡書了,今天抽空無論如何也要更新。

示例:查詢PDCD1在各個泛癌細胞系中表達情況。

首先我們打開我們的CCLE數(shù)據(jù)庫上網(wǎng)頁,網(wǎng)址走起,如果打開速度慢,請耐心等待https://portals.broadinstitute.org/ccle/

在檢索欄中搜索我們要檢索的基因,這里我們搜索“PDCD1”,點擊“search”進行檢索。

下圖即是PDCD1在泛癌細胞系表達情況,我們可以點擊右上側的照相機按鈕進行保存。但是這個表達量是個相對表達量,有時候出現(xiàn)CCLE和自己實驗數(shù)據(jù)不吻合,這個時候還是要依據(jù)自己的實驗數(shù)據(jù),CCLE只是提供了一個參考。


點擊頁面下“Download ?mRNA expression?”則可以下載表達譜。下載的表達譜是.txt,我們可以利用excel對該文檔打開。如果想研究某腫瘤的細胞系該基因表達情況,你可以在表達譜搜索該腫瘤,會對應好幾個細胞系,高亮一下,你所要研究的腫瘤細胞系就一目了然了。



總體來說,現(xiàn)在數(shù)據(jù)庫千千萬,是我們研究過程中輔助工具,我們可以借鑒它,但是它未必一定正確的,需要我們好好利用分析。

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