NCBI查詢物種所在分支進化樹

進化樹:進化樹在生物學(xué)中,用來表示物種之間的進化關(guān)系。
生物分類學(xué)家和進化論者根據(jù)各類生物間的親緣關(guān)系的遠近,把各類生物安置在有分枝的樹狀的圖表上,簡明地表示生物的進化歷程和親緣關(guān)系。
在進化樹上每個 葉子結(jié)點 代表一個物種,如果每一條邊都被賦予一個適當?shù)?權(quán)值 ,那么兩個葉子結(jié)點之間的最短距離就可以表示相應(yīng)的兩個物種之間的差異程度。
Lifemap是隸屬于NCBI(National Center of Biotechnology Information)的物種進化樹信息檢索在線網(wǎng)站。它可以交互式的探索NCBI Taxonomy數(shù)據(jù)庫的所有物種進化分類信息。

Lifemap物種分類樹的每個節(jié)點都是可以點擊的(可以進行交互的),當你點擊某個節(jié)點時它會展示各種信息和選項:
(1)物種名稱(以及相關(guān)的通用名稱,如果有的話)
(2)物種分類排序(kingdom, family, class, species...)
(3)能夠轉(zhuǎn)到NCBI網(wǎng)站上的相應(yīng)節(jié)點/種類(在新窗口中顯示)
(4)可以獲取從當前節(jié)點/尖端(進化樹末端)到樹根的整個進化譜系
Lifemap網(wǎng)站由在法國里昂的生物特征和進化生物學(xué)實驗室(LBBE)工作的研究員Damien M. de Vienne(網(wǎng)頁)撰寫。Lifemap網(wǎng)站界面美觀,大方,簡約,顏值非常高。當前樹包含NCBI分類法中存在的所有物種

比如你要研究的物種是水稻,就可以打開左側(cè)的搜索功能,輸入rice,點擊add按鈕。


Oryza sativa就是我們常說的亞洲栽培稻(包括秈稻、粳稻、aus等亞種),藍色外面的如Oryza rufipogon則是代表的是是普通野生稻,Oryza longistaminata則代表的是長雄野生稻。

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