精選| 2020年2月R新包推薦(第39期)

譯:黃小偉,資深數(shù)據(jù)從業(yè)者。目前就職杭州有贊數(shù)據(jù)分析團(tuán)隊(duì),歡迎加入!郵箱:huangxiaowei@youzan.com

2020年2月份,164個(gè)R新包收錄于CRAN(2020年1月份收錄147個(gè)),累計(jì)收錄15,978個(gè)R包!由于CRAN會(huì)不定時(shí)進(jìn)行R包增刪,所以具體數(shù)量會(huì)隨時(shí)間略有變化。此次整理了十一個(gè)類(lèi)別,分別為數(shù)據(jù)、計(jì)算方法、基因組學(xué)、機(jī)器學(xué)習(xí)、數(shù)學(xué)、醫(yī)學(xué)、科學(xué)、統(tǒng)計(jì)學(xué)、時(shí)間序列、效率工具和可視化工具。以下是本期(總第39期)R新包的核心功能介紹:

01.數(shù)據(jù)

1. crsmeta: 提供從各種數(shù)據(jù)格式獲取坐標(biāo)系元數(shù)據(jù)的功能,包括:CRS、EPSG、PROJ4和WKT.2. danstat: 提供丹麥統(tǒng)計(jì)局?jǐn)?shù)據(jù)庫(kù)API的接口.3. osfr: 實(shí)現(xiàn)與OSF交互的接口,使用戶(hù)能夠訪(fǎng)問(wèn)開(kāi)放的研究材料和數(shù)據(jù),或創(chuàng)建和管理私有/公共項(xiàng)目.

02.計(jì)算方法

1. delayed: 支持以?xún)?yōu)化計(jì)算資源的方式并行化相關(guān)任務(wù).

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2. tergmLite: 支持利用tergm包,實(shí)現(xiàn)時(shí)間指數(shù)隨機(jī)圖模型框架估算的動(dòng)態(tài)網(wǎng)絡(luò).

03.基因組學(xué)

1. selectSNPs: 提供一種使用統(tǒng)一的局部函數(shù)來(lái)選擇低密度snp的方法.

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2. varitas: 實(shí)現(xiàn)針對(duì)目標(biāo)分析序列數(shù)據(jù)的多調(diào)用者變異分析管道.

04.機(jī)器學(xué)習(xí)

1. autokeras: 提供AutoKeras的接口,它是一個(gè)用于自動(dòng)機(jī)器學(xué)習(xí)的開(kāi)源軟件庫(kù).

2. MTPS: 根據(jù)Xing等人描述的改進(jìn)疊加算法,實(shí)現(xiàn)同時(shí)預(yù)測(cè)多個(gè)結(jié)果的功能.

3. quanteda.textmodels: 實(shí)現(xiàn)基于表示文本數(shù)據(jù)的稀疏矩陣對(duì)象的模型和分類(lèi)器縮放方法.

4. SeqDetect: 實(shí)現(xiàn)克拉科夫、Vrdoljak和Mustique(2019)中的自動(dòng)機(jī)模型,以檢測(cè)和處理序列.

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5. studyStrap: 實(shí)現(xiàn)多學(xué)習(xí)算法,如合并、學(xué)習(xí)特定集合(在觀察到的學(xué)習(xí)集合上訓(xùn)練),提供超過(guò)20種相似性度量方法.

05.數(shù)學(xué)

1. PlaneGeometry: 基于R6 Class,支持表示三角形、圓、圓弧、橢圓、橢圓弧和直線(xiàn)、繪圖方法、轉(zhuǎn)換等功能.

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06.醫(yī)學(xué)

1. beats: 提供從UFI設(shè)備導(dǎo)入數(shù)據(jù)和處理心電圖(ECG)數(shù)據(jù)的功能.

2. NMADiagT: 實(shí)現(xiàn)了Ma等人提出的分層總結(jié)式接收機(jī)工作特性模型和Lian等人開(kāi)發(fā)的層次模型.

3. SAMBA: 通過(guò)多種方法,如Beesley&Mukherjee(2020)所建議的,利用電子健康記錄數(shù)據(jù)和錯(cuò)誤分類(lèi)的EHR衍生疾病狀態(tài),獲得偏差校正點(diǎn)估計(jì)和有效標(biāo)準(zhǔn)誤差.

07.科學(xué)

1. baRUlho: 提供有助于(動(dòng)物)聲音傳輸實(shí)驗(yàn)的聲學(xué)分析的功能,包括數(shù)據(jù)準(zhǔn)備、分析和可視化功能.

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2. CBSr: 用單調(diào)約束三次Bezier樣條逼近跨期選擇和風(fēng)險(xiǎn)選擇數(shù)據(jù)中的潛在效用函數(shù).

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08.統(tǒng)計(jì)學(xué)

1. blockCV: 提供用于在空間結(jié)構(gòu)環(huán)境中創(chuàng)建空間或環(huán)境分離褶皺以進(jìn)行交叉驗(yàn)證的功能,同時(shí)包括用于可視化空間自相關(guān)的有效范圍以分離訓(xùn)練和測(cè)試數(shù)據(jù)集的方法,如Valavi,R.等人所述.

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2. BGGM: 實(shí)現(xiàn)最近在Williams(2019)、Williams&Mulder(2019)和Williams等人中引入的貝葉斯高斯圖形模型的擬合方法.

3. metagam: 提供一種執(zhí)行廣義可加模型和廣義可加混合模型的元分析的方法,包括從使用mgcv和gamm4包計(jì)算的模型中刪除單個(gè)參與者數(shù)據(jù)的功能.

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4. MKpower: 為韋爾奇和Hsu t試驗(yàn)、威克森秩和試驗(yàn)和診斷試驗(yàn)提供功率分析和樣本量計(jì)算功能.

5. mvrsquared: 實(shí)現(xiàn)一種計(jì)算N維結(jié)果確定系數(shù)的方法.

6. pdynmc: 提供基于Holtz Eakin等人(1988)、Ahn&Schmidt(1995)和Arellano&Bover(1995)提出的線(xiàn)性和非線(xiàn)性力矩條件的線(xiàn)性動(dòng)態(tài)面板數(shù)據(jù)模型函數(shù).

7. Superpower: 提供模擬最多三個(gè)因素的方差分析設(shè)計(jì)、計(jì)算所有主要影響和相互作用的觀測(cè)功率和平均觀測(cè)效應(yīng)大小的功能.

8. tune: 提供與其他tidymodels包一起使用的函數(shù)和類(lèi),用于在模型、預(yù)處理方法和后處理步驟中查找超參數(shù)的合理值.

9. xrnet: 支持?jǐn)M合Weaver&Lewinger(2019)所述的分層正則回歸模型.

09.時(shí)間序列

1. seer: 實(shí)現(xiàn)了一個(gè)基于從時(shí)間序列計(jì)算出的特征,進(jìn)而選擇時(shí)間序列預(yù)測(cè)模型的框架.

2. testcorr: 提供計(jì)算單變量時(shí)間序列中自相關(guān)顯著性、雙變量時(shí)間序列中互相關(guān)顯著性、多變量序列中皮爾遜相關(guān)顯著性和單變量序列i.i.d.特性的測(cè)試統(tǒng)計(jì)量的功能,如Dalla等人所述.

10.效率工具

1. bioC.logs: 支持從http://BioConductor.org獲取、下載統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù).

2. matricks: 提供幫助創(chuàng)建復(fù)雜矩陣和繪圖的函數(shù).

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3. rco: 提供自動(dòng)應(yīng)用不同策略?xún)?yōu)化R代碼的功能。這些函數(shù)以R代碼作為輸入,并返回R代碼作為輸出.

4. slider: 在任何R數(shù)據(jù)類(lèi)型上提供類(lèi)型穩(wěn)定的滾動(dòng)窗口函數(shù),并支持累積窗口和擴(kuò)展窗口.

5. taxadb: 提供對(duì)分類(lèi)數(shù)據(jù)的快速、一致的訪(fǎng)問(wèn),并支持常見(jiàn)任務(wù),例如將分類(lèi)名稱(chēng)解析為標(biāo)識(shí)符和查找給定物種的更高分類(lèi)等級(jí).

6. tidyfst: 提供了一個(gè)以data.table為后端的整潔數(shù)據(jù)操作動(dòng)詞工具包,結(jié)合了dplyr語(yǔ)法優(yōu)雅和data.table計(jì)算性能的優(yōu)點(diǎn).7. tidytable: 提供與data.table兼容的rlang接口.

11.可視化工具

1. iNzightTools: 對(duì)iNZight主要通用變量和數(shù)據(jù)集處理工作流提供封裝,iNZight是一個(gè)圖形用戶(hù)界面,可為學(xué)生輕松瀏覽和可視化數(shù)據(jù).

2. IPV: 提供用于生成項(xiàng)池可視化的函數(shù),這些可視化用于顯示一組項(xiàng)的概念結(jié)構(gòu).

3. spacey: 提供實(shí)用程序下載USGS和ESRI地理空間數(shù)據(jù),并為美國(guó)的位置生成高質(zhì)量的光線(xiàn)著色圖.

4. Tendril: 提供計(jì)算和顯示卷須圖的函數(shù).

5. tidyHeatmap: 提供基于整潔數(shù)據(jù)框的Bioconductor ComplexHeatmap包的實(shí)現(xiàn).

說(shuō)明:限于個(gè)人水平,錯(cuò)誤之處難免,煩請(qǐng)批評(píng)指正,共同交流~

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