在解螺旋的公眾號(hào)看到這個(gè)工具感覺很有用，覺得可以安利一波。
最近接到曾老師的任務(wù)看非編碼RNA調(diào)控相關(guān)的文獻(xiàn)，寫讀書筆記，天知道我自己課題方向的論文都沒有看很多，捂臉，但是，關(guān)于表觀調(diào)控方面一直是研究的熱點(diǎn)，未知之謎也很多。
剛好自己的課題將來也涉及相關(guān)的內(nèi)容，還是可以探索一下的。
閑話少說，正題：這個(gè)數(shù)據(jù)庫就是華中科技大學(xué)郭安源教授課題組開發(fā)的miRNA SNP V3
鏈接：http://bioinfo.life.hust.edu.cn/miRNASNP/#!/
數(shù)據(jù)庫主頁
來看一下，它能做什么呢？
比如在搜索框輸入關(guān)鍵詞，看文獻(xiàn)的時(shí)候看到線粒體肌病相關(guān)一個(gè)mi-RNA：很重要，來看看輸進(jìn)去有什么結(jié)果
其實(shí)在搜索框中淺灰色已經(jīng)有提示了，可以查miRNA/Gene/SNP，在看看示例的數(shù)據(jù)搜索框下方有3個(gè)示例，可以一一點(diǎn)開來看看：
第一個(gè)hsa-miR-10b-5p的搜索結(jié)果
分成4個(gè)模塊展示分別是最上方的，miRNA detail,Target gain with SNP in seed, Target loss with SNPs in seed以及Target genes enrichment analysis.
當(dāng)前頁面展示的是默認(rèn)的第一個(gè)模塊的內(nèi)容，關(guān)于這個(gè)miRNA的目前已知的相關(guān)信息，包括序列信息，表達(dá)信息，還有藥敏相關(guān)結(jié)果，真的是很棒了。
然后是第二個(gè)模塊：
靶向上調(diào)的SNP相關(guān)信息
第三個(gè)模塊：
靶向下調(diào)的SNP相關(guān)信息
第四個(gè)模塊
富集互作基因相關(guān)信息
當(dāng)然了，關(guān)于小RNA的研究策略還有很多，生信技能樹的專題目錄了解一下。
- 【首先了解一下circRNA背景知識(shí)】
- 【circRNA芯片分析的一般流程】
- 【ceRNA-芯片分析的一般流程】
。。。
其實(shí)這個(gè)東西是我12月18號(hào)看的，當(dāng)時(shí)就想記錄下來，這幾天在寫文章，補(bǔ)實(shí)驗(yàn)，還要做作業(yè)，簡直太充實(shí)了，時(shí)間都不夠用。昨天把初稿交給老板審核，今天反饋說我應(yīng)該把除了陽性的陰性結(jié)果也整理寫上去，增加點(diǎn)工作量，好吧。繪圖組合圖又是一個(gè)痛點(diǎn)，好在有技能樹的團(tuán)隊(duì)貢獻(xiàn)的B站視頻，又能好好的學(xué)一學(xué)了。
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