sample dataset：下載Single-cell analysis of mouse cortex或者GEO數(shù)據(jù)庫(kù)下載GSE60361數(shù)據(jù)集

這一矩陣是以UMI作為表達(dá)量單位

#根據(jù)需要構(gòu)建目錄；設(shè)置工作目錄；

dir.create("SCENIC_MouseBrain"); setwd("SCENIC_MouseBrain")?

#加載GEOquery；下載GEO數(shù)據(jù)集

library(GEOquery)

geoFile <- getGEOSuppFiles("GSE60361", makeDirectory=FALSE)

gzFile <- grep("Expression", basename(rownames(geoFile)), value=TRUE)

txtFile <- gsub(".gz", "", gzFile)

gunzip(gzFile, destname=txtFile, remove=TRUE)

#加載R包data.table，讀取textFile數(shù)據(jù)

library(data.table)

geoData <- fread(txtFile, sep="\t")

geneNames <- unname(unlist(geoData[,1, with=FALSE]))

#換為矩陣

exprMatrix <- as.matrix(geoData[,-1, with=FALSE])

rm(geoData)

dim(exprMatrix)

#矩陣的行名為geoData的基因名

rownames(exprMatrix) <- geneNames

exprMatrix[1:5,1:4]

# 移除下載數(shù)據(jù)txtFile

file.remove(txtFile)

加載celltype的數(shù)據(jù):

cellLabels <- paste(file.path(system.file('examples', package='AUCell')), "mouseBrain_cellLabels.tsv", sep="/")

cellLabels <- read.table(cellLabels, row.names=1, header=TRUE, sep="\t")

cellLabels <- as.data.frame(cellLabels)

colnames(cellLabels) <- "CellType"

將上述的數(shù)據(jù)集merge成SCE object

#轉(zhuǎn)為稀疏矩陣

exprMatrix <- exprMatrix[unique(rownames(exprMatrix)),] #移除重復(fù)基因名

dim(exprMatrix)

#加載R包SingleCellExperiment

library(SingleCellExperiment)

#創(chuàng)建SCEobject

sceMouseBrain <- SingleCellExperiment(assays = list(counts = exprMatrix),

colData=data.frame(cellLabels[colnames(exprMatrix),, drop=FALSE]))

#列名為cellLabels（細(xì)胞類型celltype）

#保存為.rds格式到相應(yīng)目錄?

setwd("SCENIC_MouseBrain")

dir.create("data")

saveRDS(sceMouseBrain, file="data/sceMouseBrain.Rds")