每當(dāng)你需要展示微生物的群落結(jié)構(gòu)
你是不是已經(jīng)厭倦了
無休止的條形圖和熱圖
想不想要更大膽前衛(wèi)的展示方式？
沒錯(cuò)，它就是云字體！
云字體是一種很好的展示方式，可以使人直截了當(dāng)?shù)乜闯鲆故镜闹饕獌?nèi)容，現(xiàn)在越來越多的paper開始使用這種展示方法，尤其適合綜述文章。我們可以使用云字體來展示大范圍內(nèi)微生物物種的出現(xiàn)頻率/概率/平均相對豐度等，要做云字體要安裝wordcloud2軟件包。要分析的文件格式即分類學(xué)信息及其出現(xiàn)頻度（平均相對豐度），如下所示：
讀取數(shù)據(jù)進(jìn)行做圖如下所示：
data=read.table(file="genus_counts_ave.txt", header=T, check.names=FALSE)rownames(data)=data[,1]#對豐度數(shù)據(jù)進(jìn)行適當(dāng)?shù)臉?biāo)準(zhǔn)化來更好的顯示，可自己選擇合適的對數(shù)/指數(shù)等方法species=rownames(data)counts=data[,-1]counts=sqrt(log(1+counts))data=data.frame(species, counts)#安裝軟件包并做圖install.packages("wordcloud2")library(wordcloud2)wordcloud2(data,?rotateRatio=0,?size=0.5)
其中size設(shè)置的圖片大小，rotateRatio=0表示全部字體不旋轉(zhuǎn)（1則表示全部字體旋轉(zhuǎn)），運(yùn)行結(jié)束后會生成云字體圖片，如下圖所示：
接下來就可以導(dǎo)出圖片在文章中使用啦！
