今天是生信學(xué)習(xí)第三天，學(xué)習(xí)基本的軟件安裝
準(zhǔn)備工作
檢查有無(wú)bzip2，若沒有 yum install -y bzip2 安裝
下載軟件管理Miniconda
Miniconda相當(dāng)于App store，一個(gè)干實(shí)事的分支
安裝Miniconda
先百度進(jìn)入Miniconda的網(wǎng)址，選擇適合自己服務(wù)器的版本，右鍵復(fù)制鏈接
使用代碼
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
一路enter，然后yes
安裝后激活
source ~/.bashrc
conda
添加國(guó)內(nèi)鏡像
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
搞定啦
使用conda
- 查看當(dāng)前所有軟件列表 conda list
- 搜索軟件 conda search fastqc
- 安裝軟件 conda install fastqc -y 【加上-y是自動(dòng)安裝】
- 卸載軟件 conda remove fastqc -y
分身功能
生信實(shí)戰(zhàn)中，需要分析轉(zhuǎn)錄組、基因組組裝、重測(cè)序等多個(gè)項(xiàng)目。每一個(gè)項(xiàng)目都需要不同的軟件，另外軟件之間的結(jié)合也是需要版本要求的，比如A項(xiàng)目你需要用a軟件V 1.0版本，但是處理B項(xiàng)目又需要用到a軟件的V 1.5版本，怎么辦？
--別想了，辦法就是分身??！按照你的項(xiàng)目，定制不同的分身，安裝不同的軟件，互不干擾。這個(gè)分身就是不同的“conda environment”。(引自生信星球）
1、查看當(dāng)前conda有哪些環(huán)境
conda info --envs
2、建立一個(gè)名叫rnaseq的conda環(huán)境，指定python版本是3，安裝軟件fastqc、trimmomatic
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
3、激活新的conda環(huán)境source activate rna-seq
4、卸載一個(gè)環(huán)境中的軟件
卸載某個(gè)軟件conda remove -n rna-seq fastqc -y
全部卸載，也就是卸載這個(gè)環(huán)境conda remove -n rna-seq -all
